En 1848, frustradas las esperanzas de una boda de Isabel II con el conde de Montemolín (Carlos VI), se produjeron nuevos levantamientos. En este levantamiento tomó parte Alzaa, tomó el mando en Guipúzcoa, le apresaron y le fusilaron en Zaldibia. Se fusiló también a otro carlista, Urbistondo. La revolución de 1868 y las discordias entre los partidos políticos trajo malestar y nuevos alzamientos carlistas, como el de 1870 y el de tres batallones en 1872. Se destaca como figura la del Cura de Santa Cruz, de crueles y legendarias andanzas. Fue vencido en San Esteban de Usurbil, pero murió entre los atacantes el General Osta. El Pretendiente había entrado en Navarra, pero fue derrotado inmediatamente en Orokieta, y tuvo que repasar la frontera. El convenio de Amorebieta del 24 de mayo de 1872 produjo una cierta tregua en el País Vasco. Hubo renovaciones de mandos como el de Ollo en Navarra, Lizarraga en Guipúzcoa y Orbe en Vizcaya. El ejército carlista dominó casi todo el territorio guipuzcoano salvo San Sebastián e Irún. El dominio carlista se consolidó con la conquista de Oñate. En julio de 1873 D. Carlos entró por Dantzarinea y recorrió triunfalmente diversos pueblos de Navarra. Después entró en Guipúzcoa, levantando el ánimo y la moral de la tropa. El general Moriones había levantado el cerco carlista a Tolosa, pero contenido en Mañeru y en Montejurra se repliega de nuevo a Tolosa, que la entrega a los carlistas a principios de 1874. Al año siguiente las ciudades vascas se veían amenazadas por los carlistas, pero sus fracasos ante Guetaria y Vitoria y la pérdida de Villarreal de Alava les iba colocando en situación cada vez más difícil. El día 7 de julio de 1875 D. Carlos juraba los Fueros en Villafranca. La pacificación de Guipúzcoa y Vizcaya fue una consecuencia de la pérdida de Ochandiano, Durango, Guernica y la batalla de Elgueta, que tuvo lugar el día 13 de febrero de 1876. Los alfonsinos, tres veces superiores a los carlistas, les obligaron a dispersarse o a abandonar el país. En tanto Carlos VII traspasaba la frontera, Alfonso XII entraba en Pamplona. Tolosa había llegado a ser algo así como la Corte del Pretendiente y Vergara la sede de la subsecretaria de guerra.