Desde 1938, el PNV había decidido mantenerse al margen de cualquier disputa que enfrentase al campo anti-franquista. Para ello, su estrategia política durante la década siguiente, se basará en, por un lado, reforzar el carácter nacional vasco del Gobierno autónomo en el exilio, y, por otro, fomentar plataformas específicamente vascas. Por ello, se opondrá, sucesivamente, a integrarse en organismos como la Junta Española de Liberación, la Unión Nacional o la Alianza Nacional de Fuerzas Democráticas. La única excepción la constituiría la Asociación Democrática de Navarra -que, de hecho, es un apéndice de la ANFD- en la que está representada por el presidente del Napar Buru Batzar, José de Aguerre.
Frente a esto, Ajuriaguerra comienza a negociar en la cárcel de Burgos las "Bases para la formación de un Bloque Nacional Vasco", que con algunas modificaciones, serán ratificadas en la Declaración de Baiona de 1945 que, a su vez, darán pie a la reorganización del Gobierno Vasco. Tras una serie de intentos de pactar con los monárquicos -apoyando aquí las tesis de Indalecio Prieto y fracasados éstos, el PNV decide mantener una estrategia autónoma, aunque con acuerdos puntuales, potenciando su vocación europeísta y democristiana. Hay que recordar que el PNV es uno de los fundadores de la Democracia Cristiana europea. Todo ello se sintetiza en la Declaración del Euzkadi Buru Batzar de 1949.
En ésta se consagra la autodeterminación "como la única fuente jurídica del status político vasco". Se superaba, por un lado, el historicismo mitologizante del primer aranismo, y por otro, la reivindicación básica del nacionalismo desde la Asamblea de Elgoibar de 1906, cifrada en la "vuelta a la situación anterior a 1839". Como ocurriera en 1947, los grupos de la Resistencia Vasca organizan una huelga general que, en 1951, por primera vez afecta a las cuatro regiones de Euskadi peninsular. A raíz de la represión que sigue a este movimiento, algunos de los dirigentes más caracterizados del partido -y, por primera vez desde 1937, Juan de Ajuriaguerra- tienen que salir para el exilio.
Pero, al mismo tiempo, surgen diferencias serias ante la estrategia llevada hasta entonces, sobre todo en lo referente a la colaboración con el Gobierno de Estados Unidos (mantenida por Aguirre desde 1942). Ese año, asimismo, fallece el presidente del Euzkadi Buru Batzar, Doroteo de Ciaurnz. Por otro lado, a raíz de las diferencias mencionadas, Juan de Ajuriaguerra abandona temporalmente el partido y se va a trabajar a Lyon, siendo Jesús de Solaun -miembro del BBB y del EBB desde 1935- quien llene provisionalmente ese hueco.
KSS