Enrikek 1589. urtean hartu zuen Frantziako tronua eta harekin hasi zen Borbonen dinastia Frantziako erresuman. Erlijio-gerrak unerik larrienak bizi zituen orduan Frantzian eta Nafarroan, atzerriko parte hartzeak areagotuta gainera. Hasiera batean, ekintza militarrek Enrikeri mesede egin zioten; 1589ko irailean, Arquesen, katolikoak garaitu zituen, baita 1590. urtean Ivry-n ere. Urte horretan bertan Frantziako erresumara ekarri zituen bere ondasun guztiak, Biarno eta Behe Nafarroa izan ezik.
Ondoren okupazio espainiarra gertatu zen, eta egoera erregearen kontra jarri zen. Gertukoenek, baita Sully bere ministroak ere, fede kalbinistari uko egin eta katolizismora aldatzera behartu zuten, eta bere fedearen arnegatze publikoa egin zuen 1593ko uztailaren 25ean, Saint Denisen, Bourgeseko gotzainaren aurrean. Ekitaldi horrek berehala eragin zuen plaza katoliko garrantzitsuenen segidako errendizioa. Hurrengo urteko otsailean Chartresen errege koroatu zuten, eta hilabete beranduago Parisen hartu zuten. Aita Sainduak begi onez hartu zuen arnegatze-ekitaldia, ez ordea bere tropak Frantziako lurretan mantendu zituen Felipe II.ak. Azkenerako, Espainiako erregeak bere tropak kendu behar izan zituen, baita bere alaba tronurako hautagai izateko asmoa bertan behera utzi ere. Liga Katolikoaren aurkako gerra 1595 eta 1596 urteen artean amaitu zen, eta 1598an Espainiaren aurkakoa, Vervinseko ituna sinatuta. Urte horretan bertan, Enrikek, Enrike IV. Frantziakoak orain, Nanteseko Ediktua izenpetu zuen; bertan erlijio-tolerantzia aldarrikatzen zuen Frantziako erresuma osoan. Une hartatik aurrera erregearen helburu nagusia herrialdearen garapen ekonomikoa izan zen, nekazaritza-jarduerei, industriari eta merkataritzari erreparatuz.