Desde un primer momento y, pese a los intentos de captación efectuados por los servicios alemanes, el GV se coloca, como lo había hecho el Consejo Nacional Vasco, en el campo de los aliados. Ya en 1943 De la Torre había instado a Ordoqui a que reagrupara a los vascos resistentes integrados en la Unión Nacional de Guerrilleros Españoles. Ordoqui constituirá un batallón vasco con gentes del PNV, socialistas, comunistas, anarquistas y algún ANV, partido al que pertenece. Días antes de la liberación de París y, aprovechando la retirada de los franquistas de los inmuebles vascos, una serie de vascos acompañados de soldados del ejército de Leclerc, recupera las sedes del GV en agosto de 1944. En octubre inicia éste las gestiones tendentes a anular la sentencia de 1943. La llegada de Aguirre en marzo de 1945 da mayor firmeza a esta reclamación que tropieza con las leyes francesas que consideran a España país neutral. El avance victorioso de los aliados va a insuflar moral a miles de vascos arrojados de su suelo. El 31 de marzo se firma el pacto de Bayona por el que todas las organizaciones políticas y sindicales manifiestan su apoyo al GV y se organizan en un Consejo Consultivo Vasco. La valerosa actitud de Aznar en 1943 daba ahora sus frutos, lo cual no iba a obstar para que fuera dimitido tras diez años de ser consejero socialista del GV. La Cruz de Guerra otorgada a la ikurriña del batallón Gernika de Pedro Ordoqui da un respaldo moral a las iniciativas vascas. La posibilidad de una intervención aliada en España es vista como inminente y todos los derrotados en la guerra de 1936 hacen sus planes: el PC aviva el maquis fronterizo, los socialistas denuncian el "imperialismo vasco" en Navarra (v. los Euzko-Deya de 1946-1947), el Gobierno de la República se reorganiza, en febrero de 1946 (al no poseer infraestructura en el interior, confía todo su peso al GV) y emite un documento firmado por Aguirre (GV) e Irla (G. de Cataluña). Aguirre, que el 20 de marzo es recibido oficialmente en la Asamblea Nacional francesa por 60 diputados del MRP, reorganiza el GV en agosto:
. Fermín Zarza sustituye a Santiago Aznar (dim. en 1946).
. J. M.ª Lasarte Arana sustituye a Eliodoro de la Torre (+ en 1946).
. Manuel Campomanes sustituye a Alfredo Espinosa (+ en 1937).
. Leandro Carro sustituye a Juan Astigarrabia (dim. en 1937).
Sin embargo, el socialista Gracia no será sustituido hasta 1947, en que entra Enrique Dueñas a formar parte del gabinete vasco. El 12 de diciembre de 1946 la ONU condena el régimen del general Franco, aunque el citado organismo internacional apenas toma medida alguna de hecho para respaldar tal condena. Animado por estas circunstancias el GV impulsa, mediante la Junta Vasca de Resistencia, una huelga general que, comenzada el 1 de mayo, paraliza la actividad del País Vasco industrial durante varios días mostrando al mundo la especificidad de la opresión a que está sometido éste. Es el momento cumbre del GV en el exilio que, en esos momentos, cuenta con delegaciones en París, Bayona, Londres, Buenos Aires, Nueva York, Bogotá, Caracas, Montevideo y Manila. Ordoqui, por orden de Aguirre, prepara guerrillas que, en pie de guerra, esperarán durante un tiempo la orden de recuperar el territorio del GV. El Servicio Jurídico del Quai d'Orsay (Min. de Asuntos Exteriores) reconocerá el derecho que asiste al GV a recuperar la propiedad legal de su sede y recomienda entablar una instancia de "tierce-opposition" por parte de los accionistas de F. et E. Las incidencias de la Guerra de Corea y las consecuencias del golpe de Praga van a alterar radicalmente la situación a lo largo de 1947 y comienzos del siguiente.