La independencia interrumpió prácticamente la inmigración vasca hasta después del reconocimiento de la República por el gobierno español. Se reanudó de manera lenta a fines del siglo XIX, y algo más abundante en las primeras décadas del XX. Tiene, en sus comienzos, un carácter eminentemente religioso, con la presencia de jesuitas misioneros vascos. Por esos años comienzan a llegar padres jesuitas del País Vasco a los colegios de Colombia, cuya dirección queda en sus manos. Las generaciones de colombianos de 1910 a 1940 tienen una marcada influencia recibida de los jesuitas de la entonces Provincia Cantábrica, a través de los colegios de Bogotá, Medellín, Cartagena y Pasto. Estos padres y hermanos introdujeron el juego de pelota en Colombia en las canchas que levantaron en sus colegios. Cabe resaltar algunas de sus figuras: Zameza, Larrañaga, Gorostiza, Egaña, Múgica. El padre Manuel Ignacio Santa Cruz Loidi, guerrillero carlista de Elduayen, que ingresó en la orden, en Pasto, en 1920.
En 1892 se trasladó de Jamaica a Pasto, la capital del Departamento de Nariño, fronterizo con el Ecuador. Fundó el Corregimiento de San Ignacio, en plena cordillera andina, a 40 kilómetros de la capital de Nariño, cuyos habitantes conservan ferviente recuerdo del personaje carlista. En la casa cural de San Ignacio, que él levantó, falleció en 1926, a los 84 años, y en su iglesia está enterrado. Durante los 34 años de destierro colombiano había ocupado posiciones modestas en el colegio pastuso. La más alta, la de la clase de inglés, que sus alumnos la recuerdan como deficiente; la prefectura disciplinaria, que ejercía con sus dotes de mando guerrero; la enseñanza del catecismo a los criados del colegio, de los que fue padre espiritual; confesor en la portería y visitador de hospitales y cárceles. Más recientemente se destacaron el padre José María Uría, azpeitiano, que por muchos años regentó las cátedras de Filosofía del Derecho y Derecho Romano en la Universidad Javierana de Bogotá, materias sobre las cuales publicó sendos tratados.
El padre Simón Sarasola, de Baliarráin, en Guipúzcoa, notable científico, fundador y director del Observatorio de Cienfuegos, en Cuba, con miras a hacer más segura la navegación hacia el Canal de Panamá. Gran meteorólogo, especializado en ciclones del Caribe. Aplicó, por primera vez, en la pronosticación de los ciclones, el método de las variaciones barométricas. En 1920 el gobierno colombiano le encarga la fundación y dirección del nuevo Observatorio Meteorológico Nacional e instala, además, el Servicio Meteorológico, que fue inaugurado, en el Colegio de San Bartolomé de Bogotá, en 1922. El padre Sarasola, durante su estadía en Colombia, realizó una obra valiosa en la organización de los servicios meteorológicos colombianos. Estudió la climatología de este país y el régimen pluviométrico; instaló el primer sismógrafo en Colombia, que aún funciona en el Instituto Geofísico de los Andes Colombianos, en Bogotá.
Publicó muchas obras, anales, boletines, revistas y trabajos científicos sobre meteorología, sismología y ciencias físicas en general. Fundó y dirigió, con el padre Félix Restrepo, la "Revista Javierana", órgano de la Universidad del mismo nombre. Antes de su regreso a La Habana, en 1941, creó con el padre Emilio Ramírez, el Instituto Geofísico de los Andes, antes citado. Estando en San Sebastián, en 1947, a donde se trasladó para estudiar las galernas del Cantábrico, le sobrevino la muerte. Era académico de honor de la Academia de Ciencias de Colombia y ostentaba la Cruz de Boyacá, concedida por el gobierno colombiano, distinción de que han sido objeto cuatro vascos. El padre Sarasola, Pío Baroja, el baracaldés Andrés Perea Gallaga y el bilbaíno Francisco de Abrisqueta. Estos últimos, por sus servicios a la administración pública en el campo estadístico. El padre, bilbaíno también, Juan A. Eguren, profesor de la Universidad Pontificia Javierana, moralista, autor de muchas obras, entre las que se destacan las concordatarias y las que se relacionan con la posición moderna de la Iglesia en materia de control de la natalidad y planificación de la familia. A raíz de la primera guerra europea y en la década de los veinte se reactiva la inmigración civil a Colombia, siempre en muy pequeña escala.
En esa época inmigra Luis Miguel de Zulategui, pamplonés, que hizo señalados aportes a la cultura y la enseñanza de la música en Medellín, hasta su muerte, en 1970. De estas fechas data la llegada de los Carmelitas vascos a Colombia. Su obra en varias Lonas del país, pero especialmente en la región selvática del Darien, ha sido extraordinaria. Ellos crearon la Prefectura Apostólica de Urabá, en 1919. El primer prefecto fue el padre José Joaquín Arteaga, de Estella. El segundo prefecto, el padre Antonio Aguinebeitia, de Bértiz, el historiador moderno del golfo del Darien y de esta obra misional carmelita. En el extremo opuesto del país, en la frontera marítima entre Ecuador y Colombia, los Carmelitas han dado dos obispos, monseñor Luis Irizar Salazar, de Ormaiztegui, y monseñor Miguel Angel Lecumberri, de Arazuri. En 1927 se instala otra orden religiosa con miembros casi exclusivamente vascos. Son los Pasionistas. Inician actividades los padres Gabriel y Salvador Amézola, Juan María Echeandía y Máximo Dañobeitia. En 35 años, el apostolado de los Pasionistas se ha desarrollado apreciablemente en el territorio colombiano.
Después, en la segunda mitad, del presente siglo, abren casas, con gran participación vasca, los Sacramentinos y otras varias congregaciones, sobre todo, femeninas. Antes de la guerra de España, se produce una muy pequeña inmigración civil del País Vasco a Colombia, personificada fundamentalmente en el hombre de negocios Eugenio de Gamboa y Arrupe, a cuyo alrededor se formó la primera colonia vasca propiamente dicha. Terminada la guerra civil en el País Vasco, antes y al comienzo de la guerra mundial, del 37 al 45, y por aquella causa, sobrevino el primer movimiento migratorio vasco de alguna significación. En ese entonces, durante la Presidencia de los doctores Eduardo Santos y Alfonso López, llegaron aproximadamente 80 adultos y 45 niños. No obstante la pequeñez de la cifra, a partir de ese núcleo, integrado esencialmente por profesionales e industriales, la presencia del pueblo vasco se hace patente en el medio colombiano. Se dedican a la enseñanza y a la administración pública, en los campos económicos, estadísticos y fiscales; a la agricultura del ajonjolí que introducen en las zonas tropicales junto con inmigrantes originarios de Canarias, principalmente en los Llanos del Tolima; a la pequeña industria, a los seguros, a la pastelería y los restaurantes populares; al ejercicio de la medicina y de la abogacía y a la música y el periodismo. Gran parte de ese grupo de exilados se ha vinculado social y económicamente, a través de los años, definitivamente a Colombia. Sus hijos y nietos, vasco-colombianos, mantienen el distintivo de su origen vasco, en la mayoría de los casos, en forma parcial. Son predominantemente profesionales. Se han dado en la segunda generación algunos casos de dedicación artística, como el de Kepa Amuchastegui, destacado mundialmente en el mundo del teatro, y la pintora Libe Zulategui. En las artes plásticas hay que anotar el aporte dejado por el escultor Jorge Oteiza, creador de las Escuelas de Cerámica de Ráquira, en el Departamento de Boyacá y de Popayán, en el Departamento del Cauca. En la década del 40 hubo otro aporte muy señalado de los vascos a la economía de Colombia.
Ocurrió al fundarse la Compañía Naviera Gran Colombiana. En los primeros años de funcionamiento de esta empresa, marineros vascos navegaron como capitanes y pilotos en la mayoría de los barcos de la Grancolombiana, hasta que el país pudo preparar sus propias tripulaciones. Después de la guerra mundial, en las décadas del 50 y 60, afluye otro contingente de vascos, unos llamados por el grupo anterior, otros atraídos por la iniciación del industrialísmo colombiano. Tampoco la cifra es alta. Habrán venido a todo Colombia, en los últimos 20 a 25 años, medio millar de vascos civiles. Sus características son muy diferentes a la de la anterior inmigración. Predomina el hombre soltero, joven, ambicioso, con formación técnica industrial, sobre todo procedente de las zonas fabriles mecánicas de Guipúzcoa y Vizcaya. En considerable proporción este contingente regresó a su país de origen o se trasladó a otras repúblicas americanas, en especial a Venezuela. Sin embargo, alcanzó a contribuir en grado reconocible y sigue conectado a la creación de las industrias metal-mecánicas y del ensamblaje y a la importación de maquinaria-herramienta y otros productos de la industria pesada vasca y de los astilleros, en Bogotá y otras ciudades colombianas. Unos y otros, los inmigrantes vascos de las épocas señaladas, en 1960, constituyen un Centro Vasco como institución de hermandad, entidad social, cultural y recreativa, que ha desarrollado las actividades de este, género, propias de los centros vascos del exterior. Con anterioridad, la colectividad vasca se encontraba en determinados cafés de dueños vascos y se reunía en las festividaaes éuskaras consagradas, que fueron dando vida comunitaria a la pequeña colonia.
En 1945, la colonia donó a Bogotá un monumento dedicado a Guernica, obra de Jorge Oteiza. Hoy está colocado en la avenida que, por disposición del Municipio de Bogotá, lleva el nombre de Villa Foral. Era alcalde de Bogotá el doctor Virgilio Barco, descendiente directo de la familia Barco, que dio alcaldes a Bilbao en el siglo XVII. La colonia vasca en Bogotá también se ha distinguido por sus labores culturales. Ha llevado los temas del País Vasco a la escena, a la televisión, a la prensa y a la exposición plástica. En 1968, como prueba de agradecimiento a Colombia, bajo el título de Parnaso Colombiano en Euzkeras editó una antología de la poesía colombiana, bilingüe, en castellano y euskera. Se da la particularidad de que en Bogotá existe una de las bibliotecas privadas vascas más extensa, en la cual se guardan actualmente por encima de 6.500 libros, folletos y publicaciones sobre temas vascos.