En el régimen colonialista de la Nueva Granada, la presencia del vasco se hace más frecuente que en la conquista, y su actuación más notoria y positiva. Inclinado a la administración y a la actividad económica, el oriundo del País Vasco ocupa posiciones destacadas, públicas y privadas, en la audiencia de Bogotá, en el virreinato y en el incipiente comercio, agricultura y minería. Los nombres vascos aparecen en la presidencia de la audiencia, en las gobernaciones de las provincias, en el Tribunal de Cuentas de Santa Fe, en el de la inquisición de Cartagena y en la Casa de la moneda de Bogotá. Entre los visitadores está el Licenciado Bernardino del Prado Beltrán de Guevara. Entre los presidentes de la audiencia gobierna a mitad del siglo XVII el navarro, capitán general del Nuevo Reino de Granada, Diego de Egües Beaumont, originario de Tudela, cuya administración, la historia de Bogotá y del resto del Nuevo Reino, la califica de progresista.
En la gobernación de Popayán se destaca Jerónimo de Berrío y Caicedo, en el último tercio del siglo XVII, "vizcaíno de nación", como consta en los documentos viejos, del Señorío de Vizcaya por su apellido, y por los Caicedo de la hermandad alavesa. Son tenientes de gobernador, Blas de Aguinaga y Diego Ignacio de Aguinaga. Son gobernadores de provincia, Pedro de Velasco y Zúñiga, Francisco Martínez de Ospina, Jerónimo de Berrío y Mendoza, y otros Ospina durante todo el dieciséis. Alférez reales y regidores perpetues de Cali los Caicedo. En esta centuria, el Oidor y Visitador vasco-guipuzcoano Juan de Villabona y Zubiaurre ordena al capitán Ortún Velasco, pueble y funde a Bucaramanga. Palmira la levanta en tierras del capitán Gregorio de Astigarreta y Avendaño, Francisco Rengifo Salazar. A Tuluá le da carta de fundación el capitán Juan de Lemus-y Aguirre. En ese mismo siglo, Diego de Ospina reconstruye y funda definitivamente a Neiva. Entre las poblaciones menores, a Ubaque, en el Departamento de Cundinamarca, Custodio Lezaca; a Yaguará y a Villavieja, en el Departamento del Huila, Diego de Ospina.
En el sur nariñense, el capitán Pedro Martín Navarro deja fundada la población de Barbacoas. Entre los hijos de los pobladores vascos, van singularizándose hombres ilustres, a medida que avanzan los años. Al principio del siglo XVII, el arzobispado de Bogotá lo ocupa el doctor Hernando Arias de Ugarte, nacido en Santa Fe, de genealogía navarra, que recibió el título de Protector de Indios. Más tarde, en 1627, es nombrado para la silla arzobispal Julián de Cortazar, durangués de nacimiento, anteriormente obispo de Tucumán, Argentina. Ya avanzado el dieciséis, es arzobispo el límeño, de origen vasco, Juan de Arguinao.
En el siglo XVII, además de los nombrados, están otras primeras figuras públicas enraizadas en casas solares vascas: Arango, Goñy, .Isaza, Maya, Saldarriaga, Upegui, Urreta y 33 de quienes quedan constancia en las crónicas de la época. Como historiador y genealogista del Nuevo Reino de Granada sobresale, en el primer tercio del siglo decimoséptimo, Juan Flórez de Ocáriz, de apellido alavés, autor de las "Genealogías del Nuevo Reino de Granada". El libro más antiguo impreso en Colombia, en 1738, lo escribe Juan de Ricaurte y Terreros, de doble clara procedencia vizcaína. A la separación del Nuevo Reino de Granada del Virreinato de Lima, a principios del siglo XVIII, y al crearse el Virreinato de Santa Fe, se hace más manifiesta la contribución de los vascos. Parecería que con el mejoramiento de la organización política y el crecimiento de la colonia, los vascos encontrarían medio más propicio para poner en juego sus capacidades de acción y su espíritu de empresa.
Un presidente del segundo período de la audiencia de origen vasco-navarro, Rafael de Eslava, gobierna en 1 733 y trae a la Nueva Granada la Comisión Científica de La Condamine. En este siglo, el eibarrés Miguel de Aguinaga, ya hemos visto, instaura definitivamente a Medellín. Las dos figuras colombianas, cumbres en las artes y en las letras, el pintor santafereño Gregorio Vásquez de Arce y Ceballos, y la eximia poetisa mística, tunjana, Francisca Josefa de Castillo y Guevara, llevan sangre vasca de los Arce de Navarra y de los Guevara de Alava. La monja clarisa tenía, además, un abuelo Leguizamón, natural de Bilbao. Entre los catorce virreyes que vinieron a la capital santafereña, seis eran de origen vasco, en este orden: el tercer virrey, Sebastián de Eslava y Lassaga, del pueblo de Enériz, en Navarra, que con otros dos vascos, Melchor de Navarrete y Blas de Lezo, defiende a Cartagena de Indias de los ataques piratas. Eslava, virrey, gobernador y capitán general de las Provincias del Nuevo Reino de Granada, realizó obras de buen gobierno, entre las que se destaca la fundación de poblaciones de penetración, de verdadera colonización del extenso territorio virreinal. Tuvo una política demográfica que consistió en concentrar en pequeños centros urbanos los grupos indígenas diseminados.
El séptimo virrey, Manuel Guiroz, de Aoiz, en Navarra, fue el primer gobernante al que pudiera dársele el título de "economista". Desarrolló una política proteccionista de la agricultura colonial. Además, se preocupó grandemente por la instrucción pública sin que recibieran sus propuestas educativas el apoyo de la metrópoli. Le siguen a Eslava y Guirior, en esta nómina de gobernantes de raíz vasca, Juan de Torrezar o Torrezábal, de fugaz gobierno, pero bajo cuyo mandato se crearon muchas poblaciones en el noroeste colombiano. Más tarde, a fines del mismo siglo y principios del XIX, los famosos virreyes que cubren el período inmediatamente anterior a la independencia: José de Ezpeleta y Galdeano, de familia oriunda de Beire, en Navarra, realizador de notables obras públicas, y Pedro de Mendinueta y Muzquiz, nacido en Elizondo. Ambos nombres han sido muy elogiados por los historiadores en reconocimiento de las obras de progreso civil y de avance económico que supieron desarrollar poco antes de la revolución emancipadora. El Congreso republicano de Colombia, en 1910, honró a cinco gobernadores de la colonia colocando sus nombres en una placa de mármol en el frontis del Capitolio Nacional, en la Plaza de Bolívar de Bogotá. Tres de ellos son Leiva, Ezpeleta y Mendinueta.