Fundada Santa María la Antigua del Darién en la bahía de ese nombre, con base en esta población, los conquistadores emprenden el cruce del istmo hasta el hallazgo del otro mar, que le llamarán Mar del Sur. En la empresa intervienen, muy de cerca, con el extremeño Núñez de Balboa, varios vascos relevantes. Juan Caicedo, de procedencia alavesa, los bilbaínos Martín de Zamudio y Pedro de Arbolancha. Este último es el que trajo a la metrópoli la noticia del descubrimiento del nuevo océano. Más tarde, la costa colombiana del Pacífico, de norte a sur, la recorre y explora el vascoalavés Pascual de Andagoya, nacido en Cuartango. Andagoya, Visitador General de las Indias, en 1522, viaja desde Punta Piña, en Panamá, hasta la desembocadura del Río San Juan, y, en un segundo viaje, partiendo de nuevo desde Panamá, hasta la bahía del actual puerto de Buenaventura, que llamó bahía de La Cruz.
De allí, el licenciado Andagoya, Gobernador y Capitán General de las provincias del río de San Juan y del Perú, se interna por la cuenca del río Dagua hasta el centro del valle del Salado, que bautizó con el nombre de Lili, lo que hoy es la importante ciudad de Calí, capital del feraz Valle del Cauca. Tenía este hombre de letras y cronista del sur de la Nueva Granada en el siglo XVI, autor de la "Relación de los Sucesos del Darién", el nombramiento de Gobernador de las Costas del Pacífico. El Adelantado Andagoya, el alavés extraordinario, abrió paso, con sus atrevidas exploraciones, al viaje hacia el Perú de Francisco Pizarro, en 1525. En las incursiones conquistadoras hacia el interior, que arrancan de Santa Marta, de Cartagena y de Santa María la Antigua del Darién, y de Panamá hacia la costa del Pacífico, toman parte activa y muy importante, cuando no la encabezan y dirigen, figuras de ascendencia vasca: Viana, Berrío, Heredia. El mismo Andagoya descubre y emprende la exploración interior del río San Juan en la selva del Chocó, como Gobernador y Adelantado. Con la expedición del alemán Ambrosio Alfinger hacia el valle de Cúcuta, al noroeste de Colombia, van Amaya y Bascona.
En las tres grandes penetraciones, la de Jiménez de Quesada, Nicolás de Federmann y Sebastián de Belalcázar, se alistan capitanes, soldados y frailes vascos. Con Quesada vienen Aguirre, Baracaldo, Carranza, Duarte, Inza y Montoya, Navarro, Ochoa, Olano, Orozco, Salazar, Soraluce, Ugarte y Zegarra, entre otros. Con el tudesco avanzan Arce, Ayala, Guevara, Navarro, Ortiz, Salazar, Vascuña. Con Belalcázar llegan Avendaño, Esquivel, Orozco. Lo mismo ocurre en la incursión de Jorge Robledo por tierras antioqueñas, al noroeste, y de Pedro de Heredia por los ríos Sinú y San Jorge hacia el sur-oeste. Al gobernador Jerónimo Lebrón le acompañan Gamboa, Lara, Salazar, Tolosa, Vizcaino. En 1537, Francisco Caicedo conquista y puebla el territorio de Popayán, años después gobernado por Francisco Gamarra y Juan de la Puerta de Salazar. Por los mismos años, Bernardino de Mújica y Guevara gobierna las provincias de Saldaña, Páez y Pijaos. El Adelantado Luis de Lugo llevó en sus correrías s Anaya, Berrío, Mayorga, Perea, Velandia, Vergara. Para sustituir al gobernador Luis de Rojas, desembarcó en Santa Marta, el año 1576, Lope de Orosco, el primer empresario agrícola que llegó a la Nueva Granada.
Desde el viejo mundo traía todo un plan de colonización y explotación de la tierra. Antonio Berrío, décadas después, desciende el Meta y llega al Orinoco. La Orden Franciscana es una de las más antiguas en la evangelización del aborigen americano. Se instaló en territorio colombiano desde los primeros días. No ha habido muchos franciscanos vascos en Colombia. Sin embargo, ya en el siglo XVIII algunos padres de esta orden, sin duda vascos, introdujeron, como en los demás países de América, la devoción a la Virgen de Aránzazu. Se veneró la imagen en Bogotá, en Cartagena y en la población de La Palma, en el interior del país. De ese culto no quedan sino referencias escritas. Por el contrario, en la aldea de Gailardo, Municipio de Suaza, al Sur del Departamento del Huila, la devoción a la Andra Mari del Aloña está vigente hoy en día en todo su esplendor. Gallardo se halla sobre la inmensidad de los Andes, en un escenario que realmente recuerda las inmediaciones del Aitzgorri. En la primera semana de septiembre acuden a la iglesia que preside la Patrona de Guipúzcoa miles de campesinos venidos, a pie, de muchas leguas a la redonda. La novena que rezan y los gozos que cantan recuerdan la tradición vasca: "custodiando su ganado, te apareciste a Rodrigo, desde entonces más amigo fue de ti el vascongado...".