Uno de los hacendado más importantes de Navarra y político liberal nacido en Tolosa, el 2 de noviembre de 1820, y fallecido en Pamplona, el 13 de noviembre de 1901.
Su familia paterna era vascongada; en la materna, navarra, destacaron los Vidarte, que habían sido dueños de los palacios de cabo de armería de Solchaga y Mendívil (Olóriz, Valdorba) con derecho de asiento a Cortes. Procedían de la Tierra de Mixa (Baja Navarra) y su origen noble fue reconocido en varias ocasiones. Algunos de sus miembros prosperaron en el comercio y en general ocuparon cargos políticos relevantes en Pamplona y en Navarra.
Como vocal del Comité Electoral del partido liberal fuerista monárquico, fue uno de los firmantes del manifiesto del 7 de diciembre de 1868 pidiendo el voto para sus candidatos en las próximas elecciones a Cortes Constituyentes. Resultó elegido concejal de la capital navarra en 1854 (en octubre), 1857, 1864 y 1883, y fue alcalde entre septiembre -octubre de 1868, abril de 1872-febrero de 1873, enero de 1874- marzo de 1877, y julio de 1881-marzo de 1883-, en que presentó la dimisión.
La Junta de Gobierno de Navarra le nombró diputado foral el 5 de octubre de 1868.
A la vista de los resultados habidos en Navarra en las elecciones a Cortes Constituyentes en enero de 1869, en la sesión del 30 de ese mes toda la corporación presentó su dimisión, que no les fue aceptada. Precisamente su asistencia a la sesión de escrutinio general de las votaciones de la circunscripción de Estella, que englobaba a los partidos judiciales de Estella, Tafalla y Tudela, permite deducir que fue diputado por el segundo de ellos. Permaneció en el cargo hasta febrero de 1871.
Perteneció a la séptima compañía de Voluntarios de la República. En 1874, siendo alcalde, fue procesado por un oficio acerca del alistamiento de algunos funcionarios municipales en dicho cuerpo, que el presidente de la Audiencia, al que lo había remitido, consideró injurioso. Era muy popular en Pamplona. Quizás por ello, y porque estuvo siempre adscrito al liberalismo, Leandro Nagore puso todo su empeño en ridiculizarlo y desacreditarle. Ese notario pamplonés afirmó que un empréstito voluntario para pagar a los carabineros y la Guardia Civil que guarnecía Pamplona durante la última guerra carlista sirvió para que Colmenares y sus adláteres se cobrasen píngües sueldos. Por el contrario, El Liberal Navarro, al dar la noticia de que se le había concedido la Gran Cruz del Mérito Militar, puso de manifiesto los esfuerzos que como particular y alcalde de Pamplona había hecho en el mantenimiento de las tropas, el cuidado de los heridos, etc. Estaba también en posesión de la Gran Cruz de la Real y Americana Orden de Isabel la Católica con honores de Jefe Supremo de Administración Civil.
En 1886 fue senador por Navarra. Ya en marzo de 1893 quiso ser elegido de nuevo y se presentó con Cayo Escudero Marichalar, Manuel Cruzat y Ochagavía, marqués de Feria, en la candidatura Liberal-Dinástica. Sin embargo, ahora fue derrotado en buena medida por las divisiones del partido liberal en torno a los candidatos. En 1897 era vocal de la junta directiva del partido liberal dinástico en Navarra.
A su muerte en la comitiva fúnebre iba una corona con la siguiente dedicatoria: "Los liberales y republicanos navarros al gran patriota D. José Javier de Colmenares". Fue enterrado en el panteón de la casa solariega que la familia tenía en Aizoáin (Ansoáin).
- GARCÍA-SANZ MARCOTEGUI, Ángel. Diccionario Biográfico de los Diputados Forales de Navarra (1840-1931). Pamplona, Gobierno de Navarra, 1996, pp. 518-524.