El nombre de Busturia aparece en el «Livro dos Linhagens» del conde Pedro de Barcellos contemporáneo de Diego López de Haro, Señor de Bizkaia. Hace referencia el libro a las leyendas relativas a los primeros señores de Bizkaia. Busturia aparece bajo la denominación de Vusturio (s. XIV). Según estas referencias legendarias, los primeros señores de Bizkaia habitaron en Altamira de Busturia, en tierras que antes pertenecieron a Mundaka, y nada puede alegarse a este respecto, para demostrar la falsedad del trasfondo histórico de estas leyendas ya que estos señores firmaron diversas escrituras en Mundaka y a todas luces parecen haber residido en Altamira. Según Lope García de Salazar poblaron el lugar dos linajes procedentes de otros lugares de Bizkaia: el de Madariaga de acerca de Múgica, en un solar que llaman Madariaga, o del primero que hay memoria que más valió fue Ramiro de Madariaga, que valió mucho con el señor de Bizkaia..., que emparentó con los Butrón, y el linaje de Sagarmínaga que poblaron allí en Busturia aquel solar de Sagarminaga e fueron e son contrarios destos de Madariaga..., e buenos servidores de los señores de Arteaga... Ambas casas fueron cabeza de parcialidad en la anteiglesia y ambas poseyeron casas-torre. También debió de tener una el señor de Bizkaia, en el barrio de Altamira. De las tres, sólo queda la de Madariaga, enclavada en una edificación dieciochesca. Según Delmás, la de los señores de Bizkaia fue reedificada en el s. X por Manso López, señor de Bizkaia, y aún persistía a mediados del s. XIX. La de Sagarminaga fue quemada y destruida en 1446. La de Gorritiz de Madariaga fue donada por Iñigo López y Toda su mujer, señores de Vizc., al monasterio de San Millán de la Cogolla, el año 1070. Esta pareja regia era muy devota a dicho monasterio. En el año 1051 donaron al obispo de Armentia, D. García, la iglesia de Santa María de Izpea (Axpe) con la decanía llamada de Bareizti o Bareizi así como el diezmo de Busturia que pertenecía íntegramente a la citada iglesia. Al fallecimiento del prelado, esta donación, iglesia y decena de Bareizti con sus tierras, pesqueras y frutales, debía pasar a San Millán de la Cogolla. El obispo D. García había renunciado en cambio a las tercias de Udaibalzaga, Lumo, Gernika, Gorritiz de Yuso, Bermeo, Mundaka y Busturia de Suso. Esta carta de donación fue autorizada por el rey García V de Navarra; quienes quebrantaren la voluntad de los donantes incurrían en la pena de cinco talentos de oro y el duplo. La voluntad de los donantes fue quebrantada, efectivamente: «El año tercero, después de la muerte del conde Lope, el obispo Pedro tomó por la fuerza las tercias de Santa María de Axpe que las donó el señor Iñigo López a favor de su alma. Dios sea juez. Era 1134 (año 1096)», escribe al margen del documento el monje emilianense con despecho. Este Pedro debía de ser el obispo de Calahorra que por entonces había extendido su jurisdicción a Álava. Posteriormente volvió a manos de los señores de Bizkaia de forma que, en 1486, pasó a ser de patronato real al recaer el título de señores de Bizkaia en los reyes de Castilla. En este año el arriendo de los diezmos era de 20.000 maravedís anuales. En el año 1275 tiene lugar en Altamira un sangriento encuentro entre parciales de Ochoa de Butrón e Iñigo Ortiz de Ibargüen, su primo. Dos siglos después las luchas banderizas siguen ensangrentando el suelo de Busturia. En 1446 diez hombres de Butrón y Múgica que se hallaban en una casa de Altamira rodeados por los de Arteaga, fueron muertos, no sin que antes los sitiados mataran de un saetazo a Gonzalo de Arteaga, hijo de Fortún García de Arteaga y a otros cinco. En 1493 el censo de «fogueras labradoriegas» para el pedido (impuesto) de los señores de Bizkaia era, en Busturia, de cinco fogueras con 940 maravedíes. En 1500 Pedro Martínez de Lumo se quejó «como uno del pueblo o como mejor podía» de los abusos de las autoridades que cobraban impuestos indebidos, principalmente en la merindad de Busturia. El 26 de agosto se despachó provisión real al corregidor de Bizkaia mandándole viese el fuero y el arancel escrito y averiguara si las autoridades habían prevaricado para castigarles severamente. En febrero de 1716, tras la muerte (1715) en el exilio del marqués de San Damián y Duque de Ciudad Real, D. Francisco Idiáquez Butrón Múgica y Borja, patrón de varias iglesias vizcainas entre las que se encontraba la de Santa María de Axpe de Busturia, el Rey otorgó dicho patronato a D.ª María Filipina Hurtado de Mendoza, hija del teniente general marqués de Gaona, originaria de los Puente Hurtado del valle de Arcentales, infanzona de las Encartaciones [Labayru, «H.G.S.B.», t. VI, p. 80]. El 13 de agosto de 1794, una compañía de Busturia salió hacia Ondarroa, para defenderlo de un posible ataque francés.