Bere historian zehar, museoak eredu aparta garatu du, non herritarrek, bertako artistek eta instituzio publikoek zehaztu baitute museoaren osaera eta hazkundea, artelan garrantzitsu askoren erosketen eta dohaintzen bitartez.
Museoa euskal artisten bildumarik garrantzitsuenaren jabe da, eta, hori horrela, erreferentziarik handieneko instituzioa da, dituen fondo dokumentalengatik, ikerketa arloko tradizioagatik eta artistenganako hurbiltasunagatik. Historian zehar jardunean egon diren euskal artista garrantzitsu guztiek, Zuloagatik hasi eta Chillidaraino, lotura berezia izan dute Museoarekiko.