Bernedo formó parte del Reino de Navarra hasta hacia 1476. Fue esta villa plaza fuerte de gran importancia para el reino, estando amurallada y defendida por un castillo. Recibió los fueros de manos de su rey Sancho el Sabio, el año 1182. En este fuero, así como en el de Antoñana, se prohibía toda clase de pruebas cruentas en los litigios y se establecía el término de su territorio que abarcaba desde la iglesia de S. Julián de Uranavilla hasta la cruz de San Román y Hazaeta y desde la iglesia de S. Cristóbal de Izki hasta Latxibar y Peñaalta. Los reyes de Navarra hicieron objeto a la villa de varias importantes prerrogativas. El año 1306 se eximió a los habitantes de Bernedo de los derechos de franquicias y aduanas en su comercio con Castilla principalmente. El año 1337 Bernedo y Laguardia eran declarados libres del peaje dando al rey 1.250 libras. En 1351, Carlos II de Navarra mandó que sus habitantes pagasen portazgo, pero este tributo fue revocado en 1390 por Carlos III por mediación del rey de Castilla, D. Pedro, «a lo que me pidieron por merced en razón le enviaré rogar que si agora nuevamente fué puesto el dicho portazgo que lo faga tirar é creo que lo fará». En los pactos y avenencias que tuvieron lugar en 1379 entre Enrique II de Castilla y el rey Carlos III de Navarra, la fortaleza de Bernedo fue entregada en tenencia por el rey vasco. La guarda del castillo fue encomendada a la misma villa y a sus alcaldes. El año 1420, Juan I de Navarra declaró a Bernedo, nuevamente, libre de peaje. Figura este castillo entre los que designó D. Carlos III al Principado de Viana con Aguilar, Campezu, Marañón, Buradón y otros. Con relación al castillo de Bernedo, hallamos en los libros de Comptos algunos antecedentes que figuran en los capítulos de justitia facienda. Entre otros aparecen por su gravedad los dos casos siguientes: Juan Péritz y Pero Juaynes delataron por robos y maleficios a Juan de Biguria, el cual, confesados sus delitos, sufrió la pena de horca en este castillo. Idéntica penalidad se aplicó y ejecutó en el mismo paraje a Juan de Gamboa, sobre el cual pesaban acusaciones de muchos hurtos y muertes perpetrados en Estella, Zaragoza y Fuenterrabía. Venía gobernando este castillo desde mediados del s. XIV un Alcaide que rehusando el cobrar, no aparece en los nombres de los libros de Comptos reales. En 1521 desempeñaba la alcaldía D. Diego Martínez de Alava, al que relevó D. García Martínez de Arbizu, y finalmente D. Tomás de Rivas y Berástegi, nombrados los dos últimos por el rey de Castilla. El conde D. Pedro de Ayala aparece en Bernedo a fines del s. XV, siendo mal acogido por los habitantes. Una real cédula de 1489 le ordenaba que reedificase la torre cercana a la iglesia que había mandado derribar y que luego se marchara del lugar. No se sabe a ciencia cierta la fecha de la incorporación de Bernedo a Alava. El año 1490, los Reyes Católicos concedieron su señorío a la ciudad de Vitoria. Por real cédula ex pedida un año después en Granada se justifica esta medida de la manera siguiente: «Por quanto despues que la villa de Bernedo e su tierra, que es en la frontera de Navarra, se reduxo a nuestra corona, hobimos fecha, é fecimos merced de ella a la ciudad de Vitoria, entendiendo ser así cumplido á nuestro servicio, segun más largamente se contiene en la carta que de la dicha merced mandamos dar a la dicha villa, é porque la dicha villa está poblada á fuero é usos é privilegios de dicho reyno de Navarra, é á causa de ello los vecinos de la dicha villa é su tierra diz que resciben algunos agravios é sinrazones en algunas ciudades é villas é lugares de nuestros reynos é señoríos, etc.». Prosigue el documento expresando que Diego Martínez de Alava suplicó en nombre de la villa que a ésta le fuera otorgado el fuero de Vitoria, como fue concedido. Durante la guerra de las Comunidades hubo grandes disturbios en el lugar. Era jefe de la fortaleza, el citado Diego Martínez de Alava, que marchó a la villa de Salvatierra para defenderla del conde de este lugar dejando en su sustitución a su hijo Fernando. Sublevados los vecinos, cogieron prisionero al hijo y obligaron a su padre a refugiarse en la fortaleza. El cargo de castellano perpetuo de Bernedo lo ocupó en el mismo siglo José Tomás de Ribas y Berástegui y como tal gozó el fuero militar en virtud de dos reales cédulas del 12 de mayo de 1714 y 15 de abril de 1727. Posteriormente ocupó el cargo el marqués de Legarda, vecino de Vitoria. En 1873, durante la segunda guerra carlista, apareció en B. la partida de Francisco Romero.