Aparece indistintamente con el nombre de Arzeniega y de Arziniega. Lope García de Salazar lo cíta bajo el de Arseniega. En el documento testamentario de D. Tello se lee Arciñiega (Floranes). Parece ser que el primitivo nombre euskérico fue Artxiniega. Los comienzos de esta villa, tanto en cuanto primitivo agrupamiento humano como en cuanto población amurallada, son desconocidos. Ha sido identificado, sin fundamento, a la antigua «Arracillum» de las guerras cántabras. No faltan razones para creer que la población era bastante más extensa que hoy en día dada la abundancia de caseríos y ermitas dispersos por todo el término municipal siendo probable que estas últimas sean antiguas parroquias en desuso. En la villa de Arciniega, en los pasos que llaman de Gordeliz, se descubrieron en el año 1787 varios sepulcros de piedra con restos óseos, entre ellos una lápida que debió ser un ara, con la inscripción siguiente: SANDAO VIW; MBVRO. SANDS; AR. P. S. R. Se trata, según Baraibar, de un ara dedicada a alguna divinidad acuática. En la Edad Media Arciniega se rigió por el fuero de Vizcaya complementado por el de Vitoria. La carta foral le fue otorgada por Alfonso X el año 1272: «para siempre damosle e otorgamosle el fuero e las franquezas que han Vizcaya y el concejo de Vitoria». Este privilegio fue confirmado por los Reyes Católicos (1480) y monarcas anteriores y posteriores. (Texto completo de la carta en Landázuri: Suple a los cuatro tomos de la Hist. de Alava, p. 344-345).·Gracias a su fuero vizcaíno, Arciniega pudo mantener el privilegio de hidalguía de sus habitantes como un islote en la Álava feudal de la Edad Media. Fué del dominio del señor de Vizcaya, D. Tello (1356-58) (1363-66), como atestigua Lope García de Salazar en sus Bienandanzas é Fortunas: Sancta María de Amurrio é Sancta María de Respaldiza é la villa de Arseniega eran de los Señores de Vizcaya de antigüedad, é como falesció su Señorío é generación, ganáronlas los señores de Ayala de los reyes é son suyas». De manos de los Señores de Vizcaya pasó Arciniega a las de el Canciller Ayala, cronista del reino, el año 1371. Veamos cómo explica Floranes esta transferencia: «Por cuyo documento se ve que el rey afecta darle la puebla de Arceniega que llama suya (nuestra), y ésta es cierto lo era, pero no de la corona, sino propia del mismo D. Enrique II, por herencia particular de su hermano el conde D. Tello, que había muerto sin sucesión legítima el año antecedente 1370 a 15 de octubre. Y aunque en testamento del mismo había este legado: «Otrosí mando más a dos Hijas mías que yo he en Juana García de Vilamayor, a Gomiel de Zan é Arciñiega y Villalba de Losa», esta disposición no valió en perjuicio de su hermano el rey D. Enrique, á quien, como á único heredero de D. Tello, pertenecieron todos sus bienes, que fueron muchos, unos por merced del rey su padre, don Alfonso XI, otros por compras y algunos por injustas ocupaciones, que, abusando de su poder hizo con despojo de sus dueños poseedores». El testamento de D. Tello fue invalidado por Enrique II, que dispuso a su capricho de Arciniega, otorgándosela a los Ayala. 1396: La renta de mil maravedises de pedido que correspondía a Arciniega, fue concedida por Enrique III a la capilla de Santa María del Cabello del convento de San Juan de Quejana (Ayala). 1414: Por documento del 28 de diciembre de 1414, «Pero López de Ayala, hijo de Fernán Pérez de Ayala (hijo a su vez del Canciller), corregidor y merino mayor por el rey en Guipúzcoa, traspasó, donó y renunció los ochocientos maravedís de moneda vieja, como dicho su padre lo había hecho, en favor de la priora y dueñas del convento del Monasterio de San Juan de Quezana las que entonces eran y en adelante fueren, por juro de heredad, para siempre jamás, cuya cantidad le correspondía a dicho su padre, de Arciniega en la martiniega y yantar de dicho lugar». La villa pagaba anualmente a las monjas de Quejana treinta fanegas de trigo, tributo que procedía de unas ruedas de molino que el monasterio tuvo en el término municipal. 1432: Arciniega quiso construir ruedas nuevas para no depender del monasterio por lo que tuvieron pleito con las monjas que se oponían al proyecto. Por mediación de D.ª María de Sarmiento, esposa de Fernán Pérez de Ayala, el monasterio cedió las antiguas ruedas a cambio de las fanegas de trigo mencionadas. Arciniega, como tantas otras villas alavesas y vizcaínas, también se vio sacudida por las guerras de bandos. Sus ferrones eran maltratados por los señores de la comarca, especialmente por el señor de Salazar de Largacha, de Gordejuela. El simulacro de sitio de Arciniega con 1.500 hombres y 1000 de a caballo, fue la treta empleada por Fernán Pérez de Velasco para eliminar por medio del crimen a Juan López de San Pelayo, señor de la casa de su nombre. Los Reyes Católicos tomaron bajo su protección a los ferrones de la villa por carta expedida en Aranda de Duero el 24 de marzo de 1491. La villa estaba en el s. XVI cercada de murallas. El recinto amurallado comprendía las tres calles del poblado, quedando la casa torre en el exterior. En esta época los habitantes de Arciniega, junto con los de Ayala, Orozco, Cuartango y Morillas quisieron incorporarse a la Corona para librarse de la tutela de sus señores. Los pleitos entre Arciniega y los Ayala se desarrollan a lo largo de los s. XV, XVI XVII. El año 1503 incoaron pleito a D. Pero López de Ayala; al año siguiente los Reyes Católicos enviaban a los oidores de la Real Audiencia de Valladolid para que entendieran en la discordia. Atendiendo a los ruegos de los vecinos, Carlos I expidió Carta Real el 21 de noviembre de 1522, por la cual la villa quedaba libre del señorío de los Ayalas e incorporada a la Corona. El duque de Berwick y el conde Salvatierra, señores de Ayala, pretendieron repetidas veces recuperar su señorío, pero fueron desatendidos por la oposición que presentaron los habitantes del lugar. Estas pretensiones y la negativa de los de Arciniega a someterse a ellas dieron lugar a continuos y dispendiosos pleitos hasta que por fin, en 1618, «por ser largo y costoso el pleito y su fin incierto y dudoso, D.ª Marina de Ullosa, condesa de Ayala, y la villa se avinieron a una transacción, cuya escritura se extendió en la villa de Coca, el día 13 de abril». La escritura fue confirmada por el concejo de la villa el 3 de enero de 1619. La Hermandad de Arciniega se sumó a los pueblos de Ayala, Llodio, Urcabustáiz y Arrastaria en un pleito incoado contra Alava por los repartimientos dispuestos en el año 1576. En 1586 se fundó el convento de Canonesas regulares de San Agustín por obra de Pedro Ruiz de Monteano e Inés de Oribe, su mujer, aunque no tuvo efecto la fundación hasta el año 1606 por un reñido pleito que se suscitó sobre los bienes y herencia de dichos fundadores. Durante la invasión napoleónica (1809-1813), al ser suprimidos los fueros por los franceses, los alaveses, reunidos en el santuario de la Encina, eligieron diputado general de su provincia a D. Miguel Ricardo de Alava. La villa de Arciniega fue uno de los escenarios de la última guerra carlista. En el año 1874 aproximadamente, fueron saqueados e incendiados el Archivo y el Registro Civil de la villa, perdiéndose gran cantidad de importantes documentos.