Abogado, historiador y político liberal chileno de origen vizcaíno, nacido en Santiago el 11 de enero de 1828. Murió el 22 de enero de 1888.
Estudió Filosofía y Literatura, y fue profesor de Latín. En 1847 aparecieron sus primeras obras literarias, dos biografías publicadas en la "Revista de Santiago". En 1850 resultó ganador del concurso anual que organizaba la Universidad de Chile con La Reconquista Española, 1814-1817. En 1852 fue designado miembro de la Facultad de Filosofía y Humanidades. Al año siguiente publicó su memoria histórica La Dictadura de O'Higgins. En 1853 obtuvo la cátedra de Historia Moderna en el Instituto Nacional. Entre 1870 y 1880 publicó en 3 tomos Los Precursores de la Independencia de Chile, obra por la que la Real Academia Española le nombró miembro correspondiente en 1875. Plasmó su pensamiento liberal en La Crónica de 1810.
En 1853, Pedro de Angelis publicó un libro sobre los límites de Argentina, en el que se negaban los derechos chilenos sobre las tierras de la Patagonia; el gobierno chileno encargó a Amunátegui una memoria en defensa de esos derechos que publicó en 1853 con el nombre de Títulos de la República de Chile a la Soberanía y Dominio de la Extremidad Austral del Continente Americano. El gobierno de Manuel Montt le nombro ese mismo año jefe de la sección de Instrucción Pública del Ministerio de Justicia. En 1856 fue designado oficial mayor de los ministerios de Interior y Relaciones Exteriores. Defendió los derechos de Chile en los territorios del Norte, escribiendo La Cuestión de Límites entre Chile y Bolivia. Posteriormente publicó La Cuestión de Límites entre Chile y la República Argentina, y entre 1860 y 1868, una serie de biografías de figuras americanas y chilenas.
Diputado y ministro, su primer cargo parlamentario fue diputado por el departamento de Caupolicán en 1864. En 1867 fue elegido por Santiago, llegando a ocupar la presidencia de la Cámara de Diputados, y siendo reelegido en 1870. En 1868 fue nombrado ministro de Interior y Relaciones Exteriores en el gobierno de Pérez Mascayano. Candidato a la presidencia de la República, continuó sus actividades parlamentarias al ser elegido diputado por Talca por 2 períodos entre 1873 y 1879. Asimismo, fue electo en 1879 por Caupolicán en 1882 por Cauquenes y en 1885 por Valparaíso. Partidario de la educación femenina, impulsó la educación práctica técnica. Durante el gobierno de Aníbal Pinto en 1876 fue designado Ministro de Justicia, Culto e Instrucción Pública. Dispuso por decreto del 6 de febrero de 1877 la admisión de mujeres a exámenes válidos en la Universidad de Chile para optar a títulos profesionales. Sus últimas actividades públicas fueron como ministro de José Manuel Balmaceda.