Amendeuix figura en una noticia de La Bastide-Villefranche, en 1472, bajo el nombre de Sent Johan de Mendux. Una carta de Pamplona, en 1513, le da el nombre de Armendux, y una carta de la Cámara de Comptos, en 1602, el de Amenduxs. Oneix era una antigua comuna llamada Onex, en 1472, por la noticia de La Bastide-Villefranche, y Onecx por una carta de Pamplona. Martín de Biscay la llama Oñiz. Ambas comunas fueron unidas el 27 de agosto de 1846. Los señores de Amendeuix y de Oneix tenían derecho de entrada a los Estados de Navarra y gozaban del derecho de patronato. El 17 de diciembre de 1203, García Arn. Dones (d'Oneix, sin duda), figura entre los gentilhombres de Mixe que rindieron homenaje a Sancho el Fuerte en el castillo de Gramont. Durante el proceso de brujería en el País Vasco, los habitantes de Amendeuix se quejaron en 1587 de ser víctimas de un sortilegio que se manifestaba principalmente por el mal de ladrar.