El 15, hallándose en Begoña, recibe un tiro en una pierna que resultará de consecuencias mortales; se debate entre la vida y la muerte, atendido por diversos médicos -Grediaga, Gelos, Beliqui, Burguess- y, por su deseo expreso, por el curandero "Petrikillo". Una última entrevista con D. Carlos, cuya persona y cuyo entorno le desagradan, no pasa de tibia. Calor, ajetreo, infección, desembocan en septicemia o tétanos, falleciendo en Zegama el 25 de junio de 1835, a los 47 años. Posteriormente, la cabeza del general fue enviada a Inglaterra, (en donde permanece), para ser estudiada por expertos, tal y como era costumbre en la época con las personalidades destacadas.