Su padre, escribano real y de número, falleció cuando tenía Tomás cuatro años. A los 13 pasó a Idiazabal para aprender el oficio paterno con el escribano Pedro José de Urreta, continuando en 1804 sus estudios en Pamplona, en el despacho de Javier Ollo, padre de su futura esposa Pancracia, y procurador del Tribunal Eclesiástico.