Pese a todo no consigue que la obra de su primera medalla sea admitida por el jurado español de la Gran Exposición Internacional de París de 1900 (Madrid le es hostil) pero expone en Bruselas, Berlín, Düsseldorf y Colonia. De ese año son Parisienses y París. Al año siguiente concurre a la Exposición Internacional de Dresde, junto con Anglada Camarasa e Iturrino, y se otorga la Gran Medalla Internacional de Oro. Conoce a Rilke. El éxito le acompaña allí donde va (París, Dtisseldorf, Praga, Rotterdam, Amberes, Lieja, Venecia, Dresde, Viena, etc.). El grupo literario del 98 le obsequia con un banquete-homenaje (1904), ejecuta 4 lienzos en N. Sra. de Arrate (1904) y la Ópera de Berlín le encarga la escenografía de la ópera Carmen de Bizet (1905). Abre taller en París (1905). Tras obtener el diploma de honor y del rey en la Exposición Internacional de Barcelona, el Museo de esta ciudad adquiere su Mis primas (1906). Se hace también retratista de lo más conspicuo de la sociedad de su tiempo. En 1909 su exposición en la Hispanic Society de Nueva York es visitada por miles de personas. 1910 es el año de sus primeras exposiciones en Iberoamérica: México, Chile, Argentina. También acude a la Bienal de Venecia, inicia su casa de Zumaia, "Santiago Etxea" y pinta sus célebres La víctima de la fiesta, La familia de Daniel Zuloaga, los Retratos del Duque de Veragua y de su hijo (San Telmo). Su nombre figura en la ambiciosa Asociación de Artistas Vascos creada en 1911. Su obra es, como se ha dicho, objeto de polémica, lo que Lafuente Ferrari denominó "la cuestión Zuloaga" ya que algunos le reprochan una visión denigrante de la España pobre y atrasada que apasiona a los noventayochistas. En el otro extremo, Unamuno escribiría:
"De mí se decía que la visión de los lienzos de Zuloaga me ha servido para fermentar las visiones que de mi España he colocado en muchas correrías por ella, y que, contemplando esos lienzos, he ahondado en mi sentimiento y en el concepto de la noble tragedia de nuestro pueblo, de su austera y fundamental gravedad, de poso intrahistórico de su alma. Contemplando esos cuadros he sentido lo mucho que tenemos en lo que queda y lo poco de lo que pasa".
Es imposible reproducir aquí la lista de los más de 400 cuadros, casi todos de gran tamaño y ejecutados sin prisas ni vacilaciones, entre ellos retratos (incluido el de Alfonso XIII) y desnudos de la aristocracia española y americana, que efectúa hasta 1930. Eibar le homenajea en 1912 en el Frontón Astelena. El año de la Gran Guerra pinta en Zumaia, cuya casa de estilo vasco ha convertido en su gran hogar, y adquiere la casa de Goya en Fuendetodos en la que se instalará el Museo de su admirado maestro. En 1916 recorre las principales capitales de los Estados Unidos. A los talleres sucesivos le sigue el de Las Vistillas de Madrid. En 1925 vuelve a los EE.UU. con su gran amigo, el pintor Pablo Uranga, expone también en La Habana. En 1928 se afilia a Eusko Ikaskuntza. Sus éxitos de esos años culminan en 1931 con la dedicación por Juan de la Encina de una sala del Museo de Arte Moderno de Madrid que éste dirige. Se le nombra Presidente del Patronato del Museo citado.