Operas.
- Luis Camoens (1864) dedicada a H. Eslava (Libreto de Cesare Perono da Lucca)
- Don Fernando el Emplazado (1869) dedicada a H. Eslava (Libreto de Ricardo Castelvecchio 1° acto y Ernesto Palermi 2° y 3° actos). Versión en español de Mariano Capdepón
- Ledia (1873) dedicada a la Srma. Sra. Princesa de Asturias, Dª Isabel de Borbón y a Francisco A. Barbieri (Libreto de José de Cárdenas).
Zarzuelas.
- El tigre del mar (Texto de Antonio Arnao) (incompleta)
- Los dos ciegos (incompleta)
- La perla del valle (Flor del valle) (Texto de García Santisteban) (incompleta).
Orquesta sola.
- Sinfonía en mi (1874).
(solista/s - coro) y orquesta.
- Romanzas para tenor y orquesta. incompleta
- Himno-Cantata a la memoria de Pedro Pablo de Astarloa para solistas, coro y orquesta (1885). Poesía de F. Arrese y Beitia.
Misas.
- Misa a dos coros a cuatro voces y orquesta en la mayor (Garay, 1864)
- Misa Pastorela a tres voces y órgano en fa mayor (1865)
- Misa a tres voces y órgano en la mayor (1865)
- Misa en re mayor a tres voces y órgano (1867)
- Misa a ocho voces y orquesta en re (1876)
- Misa a cuatro voces y fagot para Adviento y Cuaresma (1879)
- Misa en sol a dos coros y orquesta (1880). Dedicada a Mª Isabel de Borbón, Princesa de Asturias
- Misa breve a cuatro voces y orquesta en do (1882)
- Misa a cuatro voces, orquesta y órgano en si bemol mayor (1888)
- Misa breve a cuatro voces y grande orquesta en mi mayor (1891)
- Misa "Assumpta est Maria in coelum" a tres voces y órgano (1896)
- Misa de Réquiem a cuatro voces y orquesta (1904). Dedicada a Mª de las Mercedes de Borbón, Princesa de Asturias
- Misa para cuatro voces y fagot para Adviento y Cuaresma (1907).
Otras obras sacras.
- Flores a María: "Venid y vamos todos" a tres voces y órgano (1865)
- Letanía a cinco voces y órgano (1865)
- Letanía a tres voces y órgano (1865)
- Letrillas a la Santa Virgen a tres voces y órgano (1865)
- Letrillas a San Roque a tres voces y órgano (1865)
- Miserere a cuatro voces y órgano (1865)
- O Crux a cuatro voces y órgano (1865)
- Plegaria a tres voces y órgano (1865)
- Salve a tres voces y órgano/piano (1865)
- Oh, semea ederra. Villancico a tres voces y órgano (1865)
- Flores a Maria: "Vuestro encanto son las flores" a tres voces y órgano (1865)
- Ave Maria stella a tres voces y órgano (1866)
- Ay Jesús a tres voces y órgano (1866)
- Genitori a tres voces y órgano (1866)
- Letanía a tres voces y órgano (1866)
- Letrillas a la Santa Virgen a dos voces y órgano (1866)
- Ego sum panis vivus. Motete a tres voces (1866)
- Antífona a la Santa Virgen a tres voces y órgano (1866)
- Ingemisco tan quam reus. Motete a cuatro voces y orquesta (1866)
- Motete para el triduo de Navidad (Alma generosa) a tres voces y orquesta (1866)
- Te Deum a tres voces y órgano (1866)
- Ave María a tres voces y órgano (1867)
- Las siete palabras de Jesús en la Cruz. Oratorio a tres voces y órgano/piano (1867)
- Letanía a tres voces y órgano (1867)
- O quam suavis. Motete a tres voces (1867)
- Aingeru Jesús jaioen. Villancico a tres voces y órgano (1867)
- Toki baten aingeru. Villancico a dos voces y órgano (1867)
- Flores a Maria: "Venid, venid, cristianos" a tres voces y órgano (1868)
- Flores a María: "Amor bendice alma mía" a tres voces y órgano (1868)
- Letanía I a tres voces y órgano (1868). Letanía II a tres voces y órgano (1868)
- O Salutaris Hostia. Motete a tres voces y órgano (1868)
- Salve (1868). (Versión I: a tres voces. Versión II a cuatro voces y órgano) (1868)
- Flores a María: "Venid y vamos todos" I a cuatro voces y órgano (1869)
- Flores a María: "Venid y vamos todos" II a cuatro voces y órgano (1869)
- Letanía I a tres voces y órgano (1869)
- Letanía II a tres voces y órgano (1869)
- Letanía III a tres voces y órgano (1869)
- Letanía IV a tres voces y órgano (1869)
- Letanía V a cinco voces (1869)
- Zagales y pastores venid. Villancico a tres voces y órgano (1869)
- Flores a María a dos voces y órgano (1870)
- Letanía I a dos voces y órgano (1870)
- Letanía II a dos voces y órgano (1870)
- Iru artzain gastiak. Villancico para voz y órgano (1870)
- Mundua egon aren. Villancico a tres voces y órgano (1870)
- O sacrum convivium. Motete a tres voces (1871)
- Tantum ergo a tres voces y órgano (1871)
- Venid y adorad, gustiok. Villancico a tres voces (1871)
- Flores a María a tres voces y órgano (1872)
- Letanía a tres voces y órgano (1872)
- Mundua egon aren. Villancico a tres voces y órgano (1872)
- Pasión según San Mateo. Oratorio para coro a cuatro voces y orquesta (París, 1874)
- Letanía a dos voces y órgano/piano (1876). Compuesta para la Basílica de Atocha
- Salve a dos voces y órgano/piano (1876). Compuesta para la Basílica de Atocha
- Completas a dos coros y orquesta (1878)
- Te Deum a dos coros y orquesta (1878)
- Venid pastorcillos. Villancico a tres voces y órgano (1878)
- O Salutaris Hostia. Motete al Santísimo a cuatro voces (1879)
- Coro y Estrofas para la procesión del día de la Presentación a dos voces y órgano (1881)
- Letanía a tres voces y órgano (1882 revisada en 1885)
- Stabat Mater a dos coros y orquesta (1883)
- Salve a dos coros y orquesta (1884)
- Padre Nuestro. Rosario para orfeón (1888)
- Misterios del Santo Rosario a tres voces y orquesta (1890)
- Letrillas para la Virgen a cuatro voces y órgano (1892)
- Ave María a una voz y orquesta (1893)
- Ave María I a dos voces y órgano (1893)
- Ave María II para voz y orquesta (1893)
- Padre Nuestro para tres voces solistas, coro y órgano (1893)
- Visperas de los Santos a dos coros y orquesta (1894)
- Libera me Domine a cuatro voces y orquesta (1899)
- Himno Cantata a nuestra Señora de Begoña para dos solistas, coro y orquesta (1900). Texto de R. Mª de Azkue
- San Franciskori, 3en lenengo canta para coro y órgano (Ondarroa, 1901)
- Jesu decus Angelicum. Motete al Santísimo a cuatro voces
- O quam suavis. Motete al Santísimo a cuatro voces
- O lux beatisima. Motete a cuatro voces y orquesta. Incompleta
- Despedida a la Santa Virgen para coro y órgano
- Dúo para dos voces y órgano
- Gozos a la Asunción de nuestra señora. Coplas a la asunción de nuestra señora a tres voces
- Gozos a la Virgen a cuatro voces
- Letanía a tres voces y órgano
- Popular a dúo a dos voces y órgano
- Responso a tres voces y órgano
- Santo Dios a cuatro voces y órgano.
- Vals para dos violines, violonchelo/contrabajo, oboe
- Una siesta, Vals para violín, violonchelo y piano
- Ecos de Oiz, Melodía para Violín/Violonchelo y piano (1889)
- Solo para contrabajo con acompañamiento de piano
- Pieza para flauta
- Fantasía para trompa con acompañamiento de piano (1900)
- Pieza para arpa (1899).
- Adiós. Nocturno para el álbum de la Sta. Adela Robreño
- Bailable de Ledia
- Blanca-flor. Nocturno expresivo
- Elena. Polca
- Flor de mi valle. Zortzico
- La Benigna
- Mazurca
- Nere alabachuarentzat. Zortzico
- Neure amari. Zortzico
- Souvenir d'une amie. Romanza
- Vals
- Redonova (1849)
- Vals (1849)
- Alfonso. Vals dedicado al príncipe de Asturias (Caracas, 1858)
- Recuerdos de Venezuela. Romanza sin palabras (Caracas, 1859)
- Angélica. Polca original de salón (1871)
- Teresa. Polca mazurca (1871-73)
- Tempo di mazurca (1883)
- Tres Polcas (1891)
- Neure aitari. Zortzico (1894)
- Andante maestoso. Una frase dedicada a María Martos (1912).
- Sinfonía de los dos fígaros.
- Andante o Sonatina para órgano/harmonium
- Bajete (en colaboración con el compositor Clemente de Santamarina)
- Marcha ofertorio o entrada de procesión para órgano/harmonium
- Ofertorio sobre el "Sacris Solemniis". Dedicado a Juan Maria Guelbenzu, primer organista de la Real Capilla de S.M.
- Fuga (1879) (en colaboración con los compositores Clemente de Santamarina y J. Ildefonso Jimeno de Lerma)
- Pastorela (1881)
- Pastorela (1883)
- Sonata (1884)
- Pastorela (1890).
- Ausencia (Texto de Antonio Arnao)
- Ave María para soprano, piano/arpa/harmonium
- Pasó la primavera
- Un gemido y un adiós, candor
- Vida y Muerte. Madrigal
- Zortzico a Astarloa
- Marcha (1868)
- Melancolía. Romanza (1871-73) (Poesía de Antonio Arnao)
- Canción de las lineras (1886). Texto extraído del diálogo quinto de Peru Abarca de Moguel. Estrenada en las Fiestas Euskaras de Durango 1886. Editada por Casa Dotesio
- Ama euskeriari azken agurra. Zortzico (1893). (Texto de F. de Arrese)
- Himno al beato Valentín de Berriochoa (1905)
- Sourire (1906).
- Aria
- Salve (1896), (Versión para voz y órgano
- Versión II para voz y orquesta de cuerda)
- Benedictus (1911).
- Himno a Vasconia (1896). (Versión I para Orfeón. Versión II para Tenores, Barítonos/Bajos y Banda. Versión III para Voz y Piano).
- Andra Mariya.
- Estudio de concierto para arpa, oboe, clarinete, trompa e instrumentos de cuerda de J. De Monasterio. Arreglo para piano de Zubiaurre. Estrenada en la Sociedad de Conciertos de Madrid. Editada por A. Romero.
- Ejercicios de oposición para la Real Capilla. Andante para cornetín y piano
- Bajo para armonizar a cuatro partes o voces
- Tiple melódico para armonizar a cuatro partes o voces
- Ave María para orquesta de cuerda (1877)
- Flauta a solo (1879)
- Solo de oboe (1886)
- Andante expresivo para órgano (1887)
- Contrabajo a solo (1893)
- Aria a solo de bajo para las festividades de la Santísima Virgen (1896)
- O Salutaris Hostia. Motete al Santísimo (1898), (Versión I: para tenor y órgano y Versión II: para tenor con acompañamiento de quinteto de cuerda).
- Pieza para violín (1904).
- Transcripciones. Dantzari-Dantza. Zortzico que se baila en Garay.