Sus expediciones se extendieron desde el actual Panamá hasta la inmensa Amazonía. En 1549, en una expedición hacia el interior de los Andes, funda Pamplona, en el valle de Zubía (Nueva Granada), ciudad de la actual Colombia célebre por su universidad en cuya Plaza de Armas se levanta una efigie a la memoria del navarro. Conquista zonas ricas en minas de oro y piedras preciosas (1551). La pacificación de los indios muzos le proporciona gran fama en Indias, formando en torno a él una leyenda aureolada de todas las virtudes y méritos, sin que por ello le falten detractores. En 1553 funda también, en tierras del valle de Tumunga, Tudela de Navarra (Tudela de Muzos), fundación que no prosperó por la devastadora acción de los indígenas. En 1551 recibió el nombramiento de Justicia Mayor de Santa Marta, guerreando incansablemente contra los nativos taironas, hasta 1553 en que, estando herido y enfermo, el nuevo oidor lo destituye.