Con el advenimiento de José I fue, desde el 7 de julio de 1808, Ministro de Estado, siguiendo la atormentada peripecia de su nuevo soberano hasta el final. Su adhesión, junto con la de su gran amigo Azanza, fue la más firme con la que pudo contar José I, tanto frente a los sublevados como frente a la política despótica de su hermano. Durante su mandato acabó sus días en España, por primera vez, la Inquisición, su gran enemiga, se suprimieron las órdenes religiosas, se creó la Bolsa de Madrid, se sustituyó la horca por el garrote, se creó una Junta de Instrucción pública, etc. Respecto al País Vasco peninsular, éste fue desgajado de la soberanía de José I y dividido (1810) en dos Gobernaciones militares: Navarras y Vizcaya. En abril de 1811 asistió en París al bautizo del Rey de Roma. Fue condecorado el 3 de marzo de 1812 con el Toisón de Oro, cuando la situación era ya crítica.