Durante este período la Universidad va a ser el fiel reflejo de los altibajos políticos, militares e ideológicos que sacuden al País.
Un RD del 12 de julio de 1807 redujo las Universidades existentes eliminando las de Toledo, Osma, Oñati, Orihuela, Irache, Baeza, Osuna, Almagro, Gandía y Sigüenza. Los fondos de la de Oñati y de la de Osma habían de ser añadidos a la de Valladolid. La invasión napoleónica remató este período de muerte académica oficial del País. Durante la ocupación francesa, el rector, Francisco de Andraca, residió en permanencia en el edificio, en el que, al parecer, prosiguieron, pese a la suspensión, las clases.
Una RC del 22 de julio de 1814 respondió a la petición de tos catedráticos y villa de Oñati en agradecimiento "a las Provincias Vascongadas y demás limítrofes" restableciendo la Universidad, ahora con las dotaciones duplicadas de las tres provincias y el ayuntamiento de Oñati. Navarra, cuyos estudiantes también se beneficiaban en gran número de la Universidad, fue invitada a participar en la dotación. La restablecida Universidad contaba en 1820 con el siguiente cuadro docente:
| Cátedras | Catedráticos | Alumnos |
|---|---|---|
| Preliminares | ||
| Elemementos de Matemáticas | --- | 72 |
| Lógica y Metafísica | --- | 48 |
| Filosofía Moral | Juan Antonio Oronoz | 11 |
| Leyes | ||
| Derecho natural y de Gentes | --- | 77 |
| His. y Elem. de Derecho romano | Antonio M.ª de Zabala | 70 |
| His. y Elem. de Derecho español | --- | 16 |
| Constitución y Derecho Político | Juan Pablo de Fruniz | 1 |
| Economía Política | Juan Esteban de Izaga | 10 |
| Práctica forense y Retórica | Juan José de Basarte | 3 |
| Cánones | ||
| Prenociones canónicas | --- | 15 |
| Instituciones canónicas | Francisco de Andraca | 28 |
| Historia Eclesiástica | --- | 15 |
| Concilios Generales | Pedro de Goitia | 5 |
Este período que el P. Lizarralde llama "de mayor prosperidad que alcanzó la Universidad durante todo el tiempo de su existencia" finalizó en 1822 al no poder responder la Universidad debido a su corta dotación a los nuevos planes de estudios impuestos a las universidades españolas.
El nuevo plan de estudios incluía una serie de textos y de innovaciones a las que Oñati no podía subvenir:
"faltaban fondos para el sostenimiento de las nuevas cátedras que habían de abrirse, y faltaban profesores especializados para regentarlas; para la adquisición de una biblioteca selecta, pues la existente se componía de unos 1.500 volúmenes de autores juristas y canonistas, la mayor parte de los s. XV y XVI, con algunos teólogos de la misma época, mas estaba totalmente desprovista de obras de Erudición, Crítica, Historia, Bibliografía, Ciencias Físicas, Químicas, Filosóficas y Bellas Letras. Para el establecimiento de gabinetes de Física, Química, Zoología, Geología, Botánica, Minerología, Agricultura... no había con qué acudir."
Lizarralde: 377.
Como consecuencia, una R.O. del 4 de noviembre de 1822 suspendió la Universidad reduciéndola a mero Colegio. Tres demandas hubo de recibir el Estado: una del ayuntamiento de Bergara pidiendo se convirtiese en Universidad de Segunda Enseñanza el Seminario de aquella villa, otra de la Universidad de Oñati solicitando su no supresión y una tercera por medio de la cual Vitoria reclamaba el establecimiento de esta última en su término. La Dirección General de Estudios, vista la falta de unanimidad vasca, dictaminó finalmente que se estableciese segunda enseñanza en Bergara allegándosele los recursos de la Universidad de Oñati, que era suprimida. La caída del régimen de Riega no supuso novedad hasta 1828.
Las gestiones vascas concluyeron el 8 de octubre de 1828 con la R.O. de restablecimiento. Las tres diputaciones vascongadas serían patronas de las cátedras que eran ampliadas con una más, de Teología. Pero no duró apenas esta situación ya que otra R.O. de diciembre de 1829 decretó su conversión en Colegio, es decir, suprimió su facultad de otorgar grados académicos y la sometió a los planes generales de estudios dependientes del Estado pese a no recibir ningún tipo de recursos económicos del mismo.
La guerra civil halló también eco en la vida académica de nuestra Universidad. Parte de su claustro y alumnado se trasladó al Palacio Legarda de Vitoria pero el resto prosiguió su actividad más o menos normal pese a la guerra, con cerca de 700 alumnos en régimen de Colegio Universitario. La fracción que marchó a Vitoria fue reconocida por el Gobierno de la reina M. Cristina. Al finalizar la contienda, reanudó sus actividades (1840) en Oñati hasta que un decreto del general Espartero de 11 de noviembre de 1842 la convirtió en Instituto de Segunda Enseñanza adscrito a la Universidad de Valladolid, a la que se adjudicó su secretaría. "Fundóse aparentemente esta inesperada medida -dice Gorósabel- en la escasez de fondos del establecimiento para sostenerse; pero las causas verdaderas debieron ser otras, puesto que la alegada no era cierta". La R.O. de 1847 convirtió a este Instituto en secundario, en relación con el Instituto de Bergara o Instituto Guipuzcoano, y otra de 1850 lo suprimió. Al año siguiente la Universidad era convertida en Escuela Especial de Agricultura. Durante el período 1862-1869 el primer obispo de la nueva diócesis de Vitoria barajó la posibilidad de establecer en este lugar el Seminario Conciliar de la diócesis, cosa que no llegó a realizarse.
La Revolución del 68 trajo consigo la libertad de enseñanza y de apertura de cátedras, cosa que no fue desaprovechada. El 20 de setiembre de 1869 el ayuntamiento de Oñati dio posesión a sus catedráticos: Derecho: Buenaventura Grases, Casimiro de Egaña, Julián Pastor, Benito Núñez, Federico Anel, Ramón María Lili y Juan de Puig; de Segunda Enseñanza: Tomás de Escriche, Francisco de Segura, Estanislao de Aranzadi, Silvestre de Umérez, Gonzalo Azofra y Juan de Dios de la Puente. Este primer curso contó con 235 alumnos que aumentaron en los años siguientes. Durante los mismos se añadieron cursos de Filosofía y Letras, Notariado y algunas asignaturas de la Facultad de Ciencias.
Durante la II Guerra Carlista Oñati se convirtió en la capital cultural de la Corte del Pretendiente, que restableció, mediante R.O., la Facultad de Teología. Pío IX reconoció sus grados y la cátedra de Ciencias Sagradas. El curso se inauguró el 5 de octubre de 1874, siendo miembros del claustro de profesores: Dr. Luis Elío y Ezpeleta, Rector y catedrático de la Facultad de Cánones; Dr. Salvador Ordoñez y Abadía, Vice-Rector, catedrático y Decano de la facultad de Teología; Dr. Matías Barrio y Mier, bibliotecario, catedrático y Decano de los Estudios de la facultad de Jurisprudencia; Dr. Ramón Ríos y Marqués, catedrático y Decano de los Estudios de Segunda Enseñanza; Dr. Francisco Segura y Echeverría, catedrático; Dr. Facundo Barcenilla y Cantero, catedrático; Dr. Gabriel Arrue Urquia e Iturrioz, catedrático y Secretario General; Dr. Cecilio Aguado y Ortega, catedrático; Dr. Justo Zugarramurdi y Velasco, catedrático; Dr. Juan José Valearena y del Río, catedrático; Dr. Luis Martínez Vázquez, catedrático. Días después se creaba un Distrito Universitario de Oñati, cuadri-provincial, como "centro de la Enseñanza Católica en las cuatro Provincias Vasco-Navarras", distrito al que se adscribían todos los centros de enseñanza secundaria y profesional, salvo los seminarios conciliares e institutos religiosos. La guerra truncó este distrito, que era la primera concretización de los proyectos universitarios de la Diputación navarra de 1866-1867. La Universidad Vasco-Navarra fue cerrada en 1891 tras haber alojado a un colegio de agustinos.
Acabada la guerra y durante algún tiempo el edificio de la Universidad fue utilizado como guarnición. En 1884 fue destinado a Seminario Menor de los canónigos regulares de Letrán, permaneciendo de tal guisa hasta 1892 en que sirvió de hospital para enfermos contagiosos. Las gestiones tendentes a reabrir la añorada Universidad dieron fruto merced al tesón de los diputados Joaquín Sánchez Toca, Matías Barrio y Cesáreo Sanz y Escartin. La Universidad se abría nuevamente, sin ningún soporte económico del Estado. Pero nacía mediatizada por la ingerencia de la Iglesia, como puede comprobarse leyendo la primera de sus bases constitutivas:
"El Excmo. e Illmo. Obispo de esta Diócesis tiene sobre este Centro de enseñanza la alta inspección que le confiere su sagrada investidura reconocida por las leyes del Reino y señaladamente en el artículo segundo del Concordato y además con arreglo al solemne acuerdo que hoy toma esta Corporación, la facultad de separar al profesor que enseñe doctrinas contrarias a la fe católica, o dé mal ejemplo con su conducta mediante el correspondiente expediente y oyendo al interesado. El nombramiento de Rector lo hará el Ayuntamiento de que se dará conocimiento al Diocesano, debiendo recaer indispensablemente en Sacerdote que esté en posesión de título de Doctor en Derecho o en Filosofía y Letras, debiendo éste explicar dos asignaturas de su Facultad".
Se la denominó además Católica, frente a la universidad laica, queriéndosela colocar -no se logró- bajo el báculo del Obispo de Vitoria. Finalmente, se la agregó al campus de Zaragoza. Su claustro estuvo compuesto por: Miguel Arroyo, Rector, profesor de Metafísica y Derecho Político; Gonzalo del Castillo, profesor de Derecho Político y Administrativo y Derecho Civil, primer curso; Modesto Hernández Villaescusa, profesor de Historia Crítica de España, Derecho Natural, Economía Política y Estadística; José Caballero y Orcolaga, profesor de Lengua Griega y Arabe; Miguel San Julián y Zozaya, profesor de Derecho Romano e Historia del Derecho español; Félix P. Aramburu y Velasco, profesor de Literatura General y Española y de Historia Universal; Aurelio Ortiz y Ortiz, profesor de Derecho Penal y Derecho Político y Administrativo, segundo curso. Más tarde fueron nombrados además varios profesores auxiliares.
El R.D. del 6 de marzo de 1896 la declaró oficial y fue denominada en adelante Universidad Literaria de Oñate. Los alumnos podían ser externos o internos, debían presentar al matricularse los mismos documentos que exigían las demás Universidades del Estado así como una certificación de "buena conducta moral y religiosa" expedida por sus respectivos párrocos. En la admisión de internos eran preferidos aquellos educados en Institutos religiosos siempre que presentaran un certificado de buena conducta del director de los mismos. Se impartieron las carreras de Filosofía y Letras, Derecho y Notariado, corriendo la financiación a cargo de la Diputación de Guipúzcoa, el ayuntamiento de Oñati y la propia Universidad. Pese a ello, el escudo de la Universidad contó además con los de Álava, Vizcaya y Navarra, constituyendo un recuerdo simbólico del Laurak-Bat de la ex Universidad Vasco-Navarra. Tras el restablecimiento de la oficialidad, la matrícula del primer curso, comenta Lizarralde, tanto de alumnos internos como externos, resultó halagadora para principios casi improvisados de los estudios académicos.
"Y no se registró incidente de importancia fuera de la dimisión del Rector y de los profesores D. Francisco Aurioles y D. Inocencio Soraluce. Estos fueron sustituidos por los señores D. Francisco Maspons y Anglasell, y D. Francisco lbó y Martí, doctores en Derecho. Componíase el claustro de seis catedráticos de Derecho y de cuatro de Filosofía y Letras; mas siendo trece las asignaturas diarias de aquella Facultad y nueve las de ésta, se suplicó al Ayuntamiento designase dos auxiliares para casos de enfermedad o forzosa ausencia. Accedióse a la súplica, nombrando como auxiliares a D. Antonio Pajares, abogado de los Tribunales de Oviedo y Bilbao, y a D. Domingo Miral López, doctor en Filosofía y Letras y con carrera eclesiástica terminada".
Para ocupar el puesto de Rector sólo sentó el sacerdote José Gogeascoechea, y pese a ser aceptado por el Ayuntamiento y el claustro, tardó en tomar posesión de su cargo porque el obispo de Vitoria quería que este nombramiento fuese de su competencia,. variando la constitución 29, en razón de que la Universidad venía denominándose Pontificia. Con todo, el curso 1896-97 transcurrió con solo Vicerrector, que fue Villaescusa; en el curso inmediato se nombró Rector a Francisco Fernández Moreno; vacó nuevamente la Rectoría y en el de 1800-01 se proyectó en Juan Pablo Biesa.
El segundo curso se abrió con 23 externos y 119 internos, y con discurso inaugural pronunciado por Gonzalo Castillo Alonso. En la nueva plantilla de profesores entraban, además, exceptuando a Arroyo, Aurioles y Soraluce, José Miralles y Sbert, profesor de Literatura griega y latina; Tomás Alonso de Armiño y Calleja, profesor de Derecho canónigo y Derecho penal; Francisco de Paula Maspons y Anglasell, profesor de Derecho civil y segundo curso de Derecho mercantil; Francisco de P. Albó y Martí, profesor de Economía, Hacienda pública, Derecho internacional público y privado y procedimientos judiciales.
El año 1901 se creó una nueva cátedra, Derecho Foral, impartida por el catedrático Carlos Riba. Pero el carácter confesional de la Universidad, en un período de abierta ofensiva modernista y laica y de contraofensiva neocatólica, iba a significar su nuevo y definitivo cierre. Un R.D. del 12 de abril de 1902 que exigía la adaptación, en lo tocante a contratación de profesores y a modificación de estatutos, hizo dimitir a todo el claustro y cesar las ayudas económicas del Ayuntamiento de Oñati y la Diputación de Guipúzcoa. Otro del 23 de agosto la cerró. El edificio fue ocupado, a continuación, por diversas comunidades religiosas.
En 1918 se celebraron simbólicamente en su memoria y en sus aulas algunas de las sesiones del I Congreso de Estudios Vascos de la Sociedad que entonces se creó. Diez años después alojó al Instituto local. El patronato de la Universidad fue ejercido por el Ayuntamiento de la villa hasta que una disposición de la II República lo hizo recaer en 1932 en la Diputación de Guipúzcoa. Durante la postguerra se cerró el edificio hasta 1964, en que fue reabierto como Instituto Nacional de Enseñanza Media. También alojó desde 1942 al actual Archivo de Protocolos notariales de la provincia y, desde 1981, ya en tiempos autonómicos, al Instituto Vasco de Administración pública. En 1989 estableció su sede en sus locales el Instituto Internacional de Sociología Jurídica.