A sus largas ausencias del reino en defensa de sus intereses franceses, se añadió la cruzada publicada en 1234 por Gregorio IX, permaneciendo en Tierra Santa los años 1239 y 1240. En lo tocante a la política nacional, en 1242 se entabló un pleito con el obispo de Pamplona, Pedro Jiménez de Gazolaz sobre las jurisdicciones temporales de la capital y de los castillos de Oro y, Monjardín, que dejaría sin solventar a su muerte. Entre 1242 y 1244 apoyó la rebelión de Gascuña contra la corona inglesa. Muchos señores vecinos de aquella región, así como la villa de Urt (1243), solicitaron su protección, afianzándose así notablemente la presencia navarra en Ultrapuertos. Le rindieron homenaje vasallático el vizconde de Soule, el señor de Agramont, el de Sault, Hasparren y Saint-Pée, así como vasallos del inglés, entre ellos Ramón Arnaldo de Tartas, por el castillo de Garris y las tierras de Mixa y Ostabarets. En el orden interno, reorganizó los sistemas de gobierno y fiscal siguiendo modelos champañeses; creó las Merindades, nuevas circunscripciones administrativas que coexistieron con el régimen tradicional de honores, reorganizando también la cancillería y el patrimonio real. Durante su reinado se introdujo también el sistema contable basado en registros anuales de ingresos y gastos, unificando las pechas y globalizándolas en una cantidad alzada en metálico que pagaban los concejos. En este campo Teobaldo I continuó el proceso de racionalización legislativa y administrativa de sus antecesores los dos Sanchos.