La política de fortificación de la frontera con Castilla vino acompañada de la fundación de villas y de la concesión de fueros para atraer pobladores a los núcleos de nueva fundación. Estos fueros otorgaban una serie de privilegios y franquezas a los moradores que pasaban a residir en dichas localidades, entre ellas, el derecho a ser juzgados por autoridades concejiles de la villa y no por poderes señoriales. Sancho VI inició esta política de concesiones el año 1164, dando a Laguardia el fuero de Logroño. De la población de Laguardia, elevada ahora a la categoría de villa, el fuero se extendió a San Vicente de la Sonsierra (1172), a Antoñana y a Bernedo (1182). Estella, que había recibido su fuero en 1090 de manos del rey Sancho V Ramírez, fuero basado en el de Jaca, obtuvo el mismo año de 1164 la confirmación de éste en su versión extensa. La población de Villaba también recibió el fuero de Jaca, en 1184, a través del que disfrutaban los habitantes del burgo nuevo de San Nicolás de Pamplona. Entre los fueros concedidos durante este periodo destacan los otorgados a San Sebastián (1180) y a Vitoria (1181), fueros que posteriormente fueron extendidos a otras poblaciones. El de San Sebastián estaba basado en el de Jaca y en el extenso de Estella, mientras que el de Vitoria en el fuero de Logroño.
Al menos una década antes el monarca navarro había otorgado el Fuero de los judíos. La población judía en Navarra constituía un grupo social con importante presencia en actividades económicas y comerciales. El ejercicio de estas actividades y en especial su libertad para realizar préstamos, práctica mal considerada dentro de la religión cristiana, había contribuido a forjar su reputación de pueblo codicioso y usurero. Sancho VI, según algunos autores tratando de mitigar la discriminación de la que eran objeto, pero también para asegurarse una población con importantes recursos económicos, confirmó el Fuero de los judíos de Nájera a la aljama de Tudela (1170), otorgado en el año 1121 por Alfonso I el Batallador, y lo extendió a la aljama de Funes (1171).