Moguel, como tantos otros, tradujo también el catecismo del P. Astete cuya obra aparece en 1805 bajo el título de Cristinauaren jaquinvidea. Es una obra acabada y perfecta en su género. El mismo autor la adaptó para uso de la parroquia de Busturia con el nombre de Cristiñau Doctriñia.
"Confesio ta Comunioco Sacramentuen gañean Eracasteac". Editada en Pamplona en el año 1800, es la primera de sus obras por orden de impresión. Consta de dieciocho partes dialogadas que tratan sobre los requisitos para una buena confesión y comunión. Está escrita en dialecto guipuzcoano. El P. Moguel tropezó con las mismas dificultades que el P. Cardaberaz para la publicación de obras en euskera; es sabido que el conde de Aranda, ministro de Carlos III, se opuso a las publicaciones que no fuesen en castellano y que para este particular había advertido al Consejo Real de Navarra para que se le informase directamente a Madrid. Nos informa Villasante que Eracasteac estuvo precedido de un prospecto que daba a conocer las opiniones de Moguel sobre el empleo del idioma. Dice al respecto: "En cuanto a la pureza del idioma no se debe pedir a un catequista de la Religión que sea un académico de la lengua. Debe pretender ser entendido... sobre todo en las voces eclesiásticas y religiosas que se han comunicado a todos los idiomas en que se ha publicado la Religión, deben permanecer, dice Larramendi, sin novedad que confunda al pueblo acostumbrado a oír y entenderlas. Pero también es un abuso intolerable el que se hable en la Iglesia un idioma barbarizado y monstruoso, robando al idioma castellano multitud de voces que no entiende la baja plebe".
"Versiones Bascongadas de varias arengas y oraciones selectas de los mejores autores latinos" o "Demostración práctica de la pureza, fecundidad y elocuencia del idioma Bascuence contra las preocupaciones de varios escritores extraños y contra algunos bascongados, que sólo tienen una noticia superficial del idioma patrio", editado en Tolosa, 1802. Contiene las traducciones al vascuence guipuzcoano de diversas arengas y discursos elegidos entre los mejores autores latinos, tales como las arengas de Alejandro Magno, las de Catilina y Germánico a sus soldados, los exordios de dos Catilinarias de Cicerón, y las anécdotas de Escipión, Denis y Camilo. El "escritor extraño" al que Moguel hace alusión en el largo título no es otro que el barón de Humboldt con el que nuestro autor mantuvo estrecha relación. Efectivamente, el sabio prusiano acababa de realizar su segundo viaje al país, durante el cual fue asesorado por los conocedores de la lengua, entre los que se contaba Moguel. El fue el que le dio a conocer el célebre Canto de Lelo, manuscrito apócrifo del s. XVI, que había hallado en la crónica inédita de Ibargüen-Cachopín de la biblioteca de Markina. Estas mismas arengas las vertió al dialecto vizcaíno publicándolas posteriormente al final de Peru Abarca.
Nomenclatura de las voces guipuzcoanas, sus correspondientes vizcaínas y castellanas, para que puedan entender ambos dialectos, aparece en el mismo año y a continuación de las Versiones. Su publicación se debió a las protestas de sus paisanos vizcaínos por haber escrito las "Eracasteac" en dialecto guipuzcoano. Durante algún tiempo estuvo en duda la paternidad de este opúsculo pero remiténdonos al comentario de Humboldt ésta queda clara. Dice Humboldt: "es una colección solamente muy incompleta de palabras peculiares a los dialectos guipuzcoanos y vizcaíno. Las primeras están colocadas por orden alfabético, con las vizcaínas y castellanas puestas al lado. Su autor, el cura Moguel, de Marquina, uno de los hombres más versados de Vasconia en el estudio de las lenguas...". Moguel tenía proyectada también la redacción de un diccionario de voces vizcaínas, guipuzcoanas y navarras, así como la de una gramática para uso de navarros y vizcaínos que no pudo llevar a cabo debido a su temprano fallecimiento, siendo realizados ambos proyectos por Añibarro.
La última obra publicada en vida. Fue Confesiño ona edo Ceimbat gauzac lagundu biar deutseen Confesinuari ondo eguiña izateco, en Vitoria, 1803. Se trata simplemente de la versión vizcaína de parte de los "Erakasteak" con las instrucciones necesarias para hacer una buena confesión, con la promesa de un próximo libro relativo a la comunión que no llegó a ejecutar. Este tratado, como otro del gran euskerista, fue una de las autoridades citadas en el diccionario de Azkue.
Las "Cartas y disertaciones de don Juan Antonio Moguel sobre la lengua vascongada" fueron publicadas por primera vez en Alemania por el doctor Heine de Berlín, Leipzig, 1847 y posteriormente, en Madrid en el tomo VII del Memorial Histórico Español. Las disertaciones de Moguel ilustran la teoría vasco-iberista compartida por Humboldt en su "Primitivos pobladores de España y lengua vasca". Moguel ve en el idioma vasco la única clave para descifrar el enigma histórico de la primitiva población de la península. Es de sobra conocido que esta teoría fue y ha seguido siendo hasta nuestros días el tema favorito de encendidas polémicas entre lingüistas y etnólogos de todo el mundo. Sin embargo, el párroco de Markina se mostró bastante cauto en la resbaladiza pendiente de las etimologías y aunque parte de sus aserciones ya no sean válidas a la luz de las investigaciones modernas, nunca cayó en los errores, muchas veces ridículos, de algunos de sus contemporáneos. En este mismo libro está incluido su epistolario con Vargas Ponce conteniendo numerosas consideraciones sobre el tema y sobre las andanzas de Astarloa.
Soraluce, junto con otros, y Mañaricúa atribuyen también a nuestro autor la Historia y Geografía ilustrada por el idioma bascuence, 1700. Como su título lo indica, se trata de recomponer el mapa primitivo de la península a través de los nombres de lugar de resonancia euskérica. Analiza en esta obra nombres como Gibraltar -antiguo Calpe-, Cádiz, ó Gadiz, los topónimos, las posibles religiones primitivas de los vascos y todas las probables concomitancias con una España antigua, anterior a las invasiones. Debido a esta obra inició Moguel su correspondencia con Vargas Ponce que entregó sus papeles a la Academia de la Historia.
La obra capital de Moguel. Fue publicada ochenta años después de su muerte, debido a las trabas legales que hemos hecho mención. Nos referimos a Peru Abarca, Durango, 1881. Su título completo es sugestivo: "El doctor Peru Abarca, catedrático de la lengua bascongada en la Universidad de Basarte o Diálogos entre un rústico solitario bascongado y un barbero callejero llamado Maisu Juan". "Peru Abarca", nuestra primera tentativa de novela, consta de un prólogo y tres secciones que en edición posterior de Zarautz han quedado reducidas a una. Su edición en castellano apareció en 1899 de la pluma de Juan Carlos Cortázar. Prólogo. Es una exposición en castellano de los móviles perseguidos por la obra y una re-exposición de sus teoría vascoiberistas. Ocupa 40 páginas. 1.° Diálogos de Peru Abarca con el barbero Maisu Juan: son seis diálogos entre estos dos protagonistas constantes y varios interlocutores ocasionales, tales como la ventera, la criada, el francés, el guipuzcoano, un cura y un alguacil. Peru y Maisu Juan traban conocimiento en una posada; el primero es la encarnación algo tópica del buen baserritarra, modelo de bondad y de sabiduría popular; el segundo, es un barbero ambulante, simpático, vividor y lleno de picardías. Moguel nos presenta aquí el consabido choque entre las dos mentalidades, haciendo resaltar, como dijera Lojendio, el ideal rusoniano del "buen salvaje" del que Peru es un acabado arquetipo. La gran preocupación por el lenguaje se manifiesta claramente en estos diálogos en los que Peru acaba por convencer al barbero que duda de las excelencias del euskera. Así la defensa: "el euskera no necesita de nadie para expresar cualquier cosa; el euskera es apto para todo". Discutiendo sobre los erderismos se define: "bien está que conservemos las voces que la Iglesia ha extendido por todas las lenguas; pero, deben suprimirse las demás palabras extrañas habiendo nombres vascos puros, admitidos y en uso... Se deben recoger las voces del euskera que estén retiradas y abandonadas y hay que dejarla limpia como lo era antaño, cuando no existía relación alguna con gentes de otra lengua". Como vemos, es una tesis aislacionista muy discutible. En relación con los fueristas, Peru se queja; "Muchos se dejarían colgar antes de dejarse arrebatar un ápice de los fueros. En cambio, que se pierda en hora buena el euskera que nos viene de más antiguo. ¡Es demasiado!". Además de estas consideraciones sobre la lengua, Peru, describe un amplio cuadro de la época, con sus costumbres, y sus técnicas entre las que destacan la visita a una ferreria y la descripción detallada de su funcionamiento. 2.° Diálogos entre el fraile Pedro y el fraile Juan: es muy probable, como señala Villasante, que los interlocutores sean el mismo autor y su gran amigo, el euskerólogo P. Añíbarro. Ambos fueron los primeros promotores del empleo literario del euskera vizcaíno y su colaboración -a pesar de discrepar sobre más de un punto de vista debió de ser tan estrecha como su amistad. Estos diálogos son un complemento culto a los diálogos anteriores. 3.° Versiones bascongadas de varias arengas: se trata de la versión vizcaína, de las traducciones de clásicos latinos que hemos descrito anteriormente. Son un colofón a las afirmaciones de Peru, de que el euskera es un vehículo idóneo como el que más para expresar todo lo que se quiera. Al final, a modo de apéndice, viene la Nomenclatura de diferentes voces vascongadas comunes a los rústicos e ignoradas por no pocos, escrito en 1792, publicado en Bilbao, elenco de estas palabras y expresiones, en orden alfabético y con el correspondiente castellano.
Por otra parte, su réplica al artículo de Traggia en el DRAH -Apología de la Lengua Vascuence- sólo se publicó en 1891 en la revista "Euskal Erria".
Análisis filológico de un sermón euskérico, escrito en 1792, fue publicado en Bilbao, en 1895.
"Pascalen Gogamenak", traducción de los Pensamientos de Pascal, en 1899.
Soraluce le atribuye finalmente unos "Diálogos vascongados" editados en Bilbao el año 1816.
Su inédito "Christinaubaren ikasbidea" aparece en 1987.
Sobre la producción fabulística de este escritor véase J. Kortazar: ¿Fábulas inéditas de Juan Antonio Moguel? FLVSD, 1980, 35- 36, 253-257.