Una vez desaparecida la civilización romana del oppidum de Iruña, se establecieron en la Edad Media los caballeros de la orden militar de San Juan de Malta, fundando un priorato. Este priorato pertenecía a Burgos-Buradón y era conocido en la antigüedad con el nombre de Iruyna. (Ref. "G. G. P. V. N.", t. Alava, p. 448). Como comendador de Vallejo e Iruyna, asistió Rodrigo Alfonso de Logroñyo a la asamblea celebrada por la orden de Malta el 12 de marzo de 1352 y posteriormente a las del 8 de julio y 25 de septiembre de 1353, como se hace constar en el libro de actas. (Ref. "G. G. P. V. N." t. Alava, p. 449). Fue del señorío del duque de Híjar. ("G. G. P. V. N." t. Alava, p. 446).