La iglesia de San Esteban de Aintzioa presenta fábrica de estilo protogótico construida a comienzos del siglo XIII.
Cuenta con una nave de dos tramos desiguales y cabecera plana. El coro se sitúa a los pies, con un arco escarzano con clave. La cubierta del sotocoro es una bóveda estrellada de nervios mixtilíneos con claves. Las cubiertas datan todas del siglo XVI. La sacristía se adosa al muro de la cabecera formando una estancia rectangular cubierta por bóveda vaída.Al exterior se muestra como un pequeño volumen horizontal con dos contrafuertes prismáticos a cada lado y dos más en la cabecera. La puerta de entrada se sitúa en el lado de la Epístola y la forman dos arquivoltas lisas apuntadas de aristas ochavadas. Toda ella se protege con un tejaroz. En el muro se aprecia un cambio de obra, más o menos hacia su mitad, correspondiendo la parte inferior a la fábrica medieval y la superior a un recrecimiento realizado en el siglo XVI. A la cabecera se le adosa la sacristía y por el lado del Evangelio se adosa otra dependencia cubierta a dos aguas. La torre es de fuste prismático estrecho con un cuerpo de campanas moderno.
La pila bautismal, situada en el sotocoro, es de la misma época de la iglesia. La pila consta de fuste cilíndrico y taza semiesférica lisa. En el lado del Evangelio se encuentra un Crucificado fechado en el siglo XVII, de estilo barroco popular que conserva la policromía primitiva, salvo en el paño. Un pequeño retablo del Sagrado Corazón de estilo neogótico moderno fechado en 1929 se encuentra en un nicho-hornacina.
El retablo mayor de estilo barroco de la primera mitad del siglo XVII preside la iglesia. Presenta la estructura de banco, un cuerpo de tres calles, rematado con un frontón curvo. La imaginería es moderna y se compone de tres figuras: Virgen con Niño, el titular San Esteban y San José.
Por último queda mencionar una única pieza de plata que se conserva en la iglesia y es una cruz parroquial parcialmente sobredorada, barroca del siglo XVIII y que presenta la marca de Pamplona, la doble P coronada.