El rey consorte Juan de Albret murió el 17 de junio de 1516 en el castillo de Monein, y la reina Catalina el 12 de febrero de 1517 en Mont de Marsan. Al igual que su marido, fue enterrada en la Catedral de Lescar con el deseo de que, una vez recuperada la alta Navarra, su cuerpo fuese trasladado a la Catedral de Pamplona.
Enrique contaba con catorce años de edad cuando fallecieron sus padres. Además del reino de Navarra y de los títulos de su madre, heredó también el condado de Armagnac, el vizcondado de Tursan, el de Gabardan, y las tierras de Perigord, Tartas y Limoges.
Tras la muerte del rey Fernando, el Cardenal Cisneros asumió la regencia de la corona castellana, y a la muerte de este cardenal el año 1517, comenzó el reinado de Carlos I, nieto de los Reyes Católicos. Mientras en Francia mantenían las esperanzas de reconquistar el reino de Navarra y se esperaba el momento oportuno. La ocasión se presentó cuando, estando ausente el emperador, los comuneros de Castilla se sublevan y las tropas que se encontraban en el reino de Navarra salen para pacificar el conflicto.
La acción militar emprendida por Enrique II era ya la tercera tentativa armada de recuperar el reino de Navarra (1521). El navarro tenía como aliado al monarca francés, e invadió el territorio con un ejército formado por navarros y franceses que era conducido por Andrés de Foix, señor de Asparrós (Esparre). El ejército entró en la Baja Navarra, cuya población se levantó apoyando al rey Enrique, y el 15 de mayo tomaron San Juan de Pie de Puerto. El día 16 las tropas penetraron por Roncesvalles y a ellas se unieron las fuerzas agramontesas, partidarias de los monarcas de Navarra. El día 19 la ciudad de Pamplona envió a Andrés de Foix una delegación y los procuradores de la ciudad le prestaron juramento al rey en Villava. El virrey, Duque de Nájera, huyó de Navarra y el levantamiento se extendió por otras ciudades y lugares del reino. Pedro de Navarra, hijo del mariscal prisionero en Simancas, provocó el alzamiento de la merindad de Olite. El mismo Pedro de Navarra, Miguel de Añués, y los hermanos de San Francisco Javier, Miguel y Juan, consiguieron la sublevación de los pueblos vecinos de Sangüesa y proclamaron rey a Enrique. La ciudad de Tudela, siguiendo a Antonio de Peralta, juró fidelidad al rey el 29 de mayo, y los franceses lograron tomar Estella, lugar en donde la guarnición castellana había capitulado ante sus habitantes.
El ejército de Enrique no encontró obstáculos ante sí, pero las fuerzas de Álava, Guipúzcoa, Vizcaya y la Rioja se movilizaron para ayudar al rey Fernando. Asparrós se dirigió a poner sitio a Logroño, que estaba defendida por Pedro Vélez de Guevara. No pudo tomar la ciudad, levantó el cerco y regresó, perseguido por las tropas del Duque de Nájera y el Conde de Lerín, en dirección a Estella y Puente la Reina.
Una vez en tierras navarras el ejército de Asparrós fue derrotado por los castellanos en Noain, el día 30 de junio. Dentro de este ejército castellano se encontraban las tropas guipuzcoanas al mando de Juan Pérez de Ainziondo, y las vizcaínas dirigidas por Gonzalo de Butrón. Asparrós podía haberse refugiado en el interior de Pamplona y haber sumado alrededor de 6.000 hombres que venían a reforzar su ejército, más 2.000 gascones y navarros que acampaban en Tafalla al mando de Iñigo de Echauz y el señor de Olloqui. Sin embargo, Asparrós se enfrentó al ejército castellano sin tener en consideración las posibles consecuencias de batirse contra un ejército tres veces mayor que el suyo. Las tropas franco-navarras no tenían suficiente artillería para hacer frente a las fuerzas castellanas y sufrieron graves pérdidas. El mismo Asparrós fue herido y apresado en esta batalla.
Parte de las tropas que habían huido del campo de Noain, dirigidas por el Mariscal Bonnivet, comenzaron en el otoño de ese mismo año a tomar algunas posesiones en el Pirineo Navarro. Tenían intención de iniciar una nueva reconquista y a finales de septiembre se apoderaron del castillo de Amaiur (Maya). Bonnivet dejó el castillo, protegido por una guardia de 200 agramonteses, al mando de Jaime Vélez de Medrano, y desde allí se dirigió a Fuenterrabía. Tomó Behobia y ocupó la plaza de Fuenterrabía entre el 18 y el 19 de octubre de 1521. La fortaleza de Amaiur fue asediada en julio del año siguiente por un ejército enviado por Fernando el Católico, ejército en el que se encontraban el Conde de Miranda, virrey de Navarra, y el Conde de Lerín. Los sitiados, después de haber rechazado varios asaltos durante varios días y sin obtener refuerzos, tuvieron que capitular y el castillo fue arrasado. Por otra parte, los navarros y gascones que poseían Fuenterrabía en nombre del rey de Navarra, se defendieron durante algún tiempo hasta que finalmente capituló en 1524 el alcaide de la ciudad, el capitán Franget.
Con estos acontecimientos Enrique II perdió las cinco merindades meridionales de su reino. Aún conservaría la sexta merindad, la Baja Navarra. El rey navarro recuperó este territorio tras la evacuación de tropas ordenada por el emperador Carlos V en 1530. No obstante, Enrique siguió titulándose rey de Navarra por los derechos que poseía sobre este reino.
Enrique II participó en las guerras de Italia, acompañando a Francisco I de Francia. Allí cayó prisionero en la batalla de Pavía contra Carlos V, el 24 de febrero de 1525, pero posteriormente logró escapar. El 24 de enero de 1527 contrajo matrimonio con la hermana del rey francés, Margarita de Angulema.
A partir de estas fechas los reyes emprendieron una serie de actuaciones con el fin de mejorar la situación del Béarn, y entre estas actuaciones por ejemplo, adoptaron medidas con objeto de potenciar la agricultura y la industria. Otras medidas de estos monarcas afectaron al plano institucional, como la reforma de los fueros medievales del Béarn. En la Baja Navarra formó unos Estados Generales similares a las Cortes de Navarra. Estas cortes se reunirían periódicamente en Saint Palais, San Juan Pie de Puerto o en Labastide-Clairance. Igualmente estableció la Corte Suprema de Justicia o Cancillería del Reino en Saint Palais, donde también se hallaba la Casa de la Moneda.
La reina Margarita falleció el 21 de diciembre de 1549 y Enrique murió en mayo de 1555 en el castillo de Hagetmau, con alrededor de 52 años de edad. Dejó como heredera a su única hija, que pasaría a reinar como Juana III de Albret, y fue enterrado en la catedral de Léscar.