En 1936 estalla la guerra civil. Desde el balcón de un cuarto piso de la calle Barquillo, Nº 23, Ernestina escucha los encendidos discursos de La Pasionaria, de Margarita Nelken, etc, pero también oye con horror el estruendo de las primeras bombas nacionales lanzadas sobre del Ministerio de la Guerra. Con el estallido de las bombas y el aullido de las sirenas desaparece el bullicioso y despreocupado ambiente de ese Madrid de la literatura y de la cultura. Son tiempo de sufrimiento y de entrega. Así lo entienden todos los intelectuales, quienes desde una posición u otra se preparan en la medida de sus posibilidades para una lucha larga y cruenta. Juan Ramón Jiménez y Cenobia, preocupados por los niños huérfanos o abandonados, fundan una especie de comité denominado "Protección de Menores". Ernestina se suma a este trabajo en calidad de enfermera. Debido a ciertos problemas con algunos milicianos deja esta labor para entrar a trabajar como auxiliar de enfermera en el hospital regentado por Lola Azaña. Colabora allí de forma desinteresada hasta el día de su matrimonio con Juan José Domenchina. A partir de las vivencias que tiene en este trabajo inicia la redacción de una novela Mientras allí se muere, inconclusa por falta de final o por que ese final fue destruido por la autora.
Debido a las ideas políticas de Domenchina, afiliado a Izquierda Republicana, y a sus cargos políticos, secretario del gabinete diplomático del Presidente de la República Manuel Azaña, el joven matrimonio tiene que moverse al ritmo que impone el grupo presidencial. Se desplazan con el gobierno y el 5º Regimiento a Valencia. El viaje lo realizan con otros intelectuales, entre los que se encontraban los vascos Pilar Zubiaurre y Juan de la Encina. Más tarde a Barcelona y de la Ciudad Condal con el ejército nacional en los propios talones pasan a Francia. Residen durante tres meses en Toulouse, acogidos por el Comité de Ayuda a los Intelectuales Españoles.
El exilio para Ernestina no fue ni doloroso y traumático como lo fue para Juan José Domenchina. De espíritu aventurero y amante de los viajes, la escritora tomó el destierro como un viaje de aquellos que imaginaba y narraba en su niñez. Con el tiempo termina enamorada de la gente y de la geografía de México.
Una vez instalados en México, Juan José rechaza el trabajo de profesor al no sentirse ni preparado ni vocacionado. Enterado Cosío Villegas de la situación en que se encontraba el matrimonio, les ofrece colaborar con el Fondo de Cultura Económica en calidad de traductores. La primera obra que tradujo Ernestina para el F.C.E. fue una biografía de Voltaire. La traducción resultó tan del gusto del director, que se le abrieron todas las puertas y se le dieron todas las facilidades. Ella escogía los títulos que iba a traducir. Estos eran preferentemente históricos, literarios, sociológicos, etc. Colabora igualmente para editoriales como Centauro. U.T.H.A (Unión Tipográfica Hispanoamericana). Realiza una labor increíble. Su trabajo alcanza el medio centenar de títulos, significando su labor un puente cultural sólido que sirvió para empezar a despertar las dormidas cabezas de la España franquistas. En forma de las traducciones en editoriales americanas empezaba a llegar la voz de los desterrados. Muchas de las traducciones de Ernestina de Champourcin siguen vigentes y reeditándose a pesar del tiempo transcurrido.
Ernestina era poeta y como tal fue recibida en su nueva tierra de residencia. Sin embargo, el nuevo trabajo de traductora ahogó su voz poética durante más de quince años. Salvo contadas ocasiones y de forma más bien esporádica -sus colaboraciones en la revista Rueca serían la gran excepción- deja de lado su tarea poética. La vida en el exilio exigía una dedicación remunerada y las traducciones daban para vivir sólo cuando se trabajaba de manera intensa. En 1952 publica Presencia a oscuras. Si durante la época de preguerra clamaba por el amor humano, ahora la poeta dialoga con el amor divino. El tema religioso llena a partir de ahora todas sus páginas poéticas. Este sentimiento de amparo divino se ve acrecentado en octubre de 1957 con la muerte de su marido. Humanamente quedaba sola, espiritualmente se encontraba acompañada de Dios y de los suyos. La fe le sirve para superar estos momentos de gran tragicismo . Con este sentido y bajo este sentimiento van apareciendo sus siguientes libros: Cárcel de los sentidos (México, 1964), Hai-Kais espirituales (México, 1967), El nombre que me diste (México, 1966), Cartas cerradas, México, 1968) y Poemas del ser y del estar (Madrid, 1874). La verdadera obsesión de la escritora alavesa es a partir de estos momentos el destierro espiritual del hombre. Su fe inquebrantable en el mas allá da un nuevo colorido a toda su obra. Para Ernestina de Champourcin no existe propiamente exilio espacial o transtierro emocional sino destierro espiritual