En noviembre de 1994 la prensa anunció, causando revuelo en Navarra, que los restos humanos hallados con motivo de las obras en el presbiterio de la capilla mayor de la iglesia de Nuestra Señora de la Soterraña, Santa María de la Real de Nieva (Segovia) bien pudieran corresponder a los de la reina navarra que pudo morir en este lugar estando de peregrinación.
El Gobierno de Navarra decidió impulsar un estudio riguroso en caso de que así fuera ya que, a todos los historiadores consultados, el aserto les parecía verosímil. El antropólogo José Manuel Reverte efectuó un estudio del que concluía la coincidencia de los datos físicos con los históricos, pese a lo cual la Junta de Castilla y León decidió oficialmente volver a inhumar los restos en enero de 1995. Sin embargo el obispo de Segovia terció y se optó por custodiarlos en una caja fuerte de la entidad de ahorro del pueblo. Finalmente, las pruebas de ADN efectuadas ese año cotejando el material genético de los despojos con el del Príncipe de Viana (su hijo), cuyos restos se hallan en el monasterio de Poblet, dieron resultado negativo (diciembre de 1995).