Aita Donostia sintió que iban en progresión distintos achaques, que le molestaban desde Barcelona. Tenía gran amistad con Gregorio Marañón y por esta razón en marzo y noviembre de 1954 y en febrero y junio de 1955 hizo rápidas y breves escapadas a Madrid, para encontrarse con él.
Nos hallamos en sus últimos años de vida. Su salud mental fue progresivamente dando muestras de fatiga, mareos, etc. Pero todavía escribió partituras importantes, como los Responsorios de Navidad o de Semana Santa. Inició la orquestación de su obra pianística Infantiles I, pero quedó inacabada.
Cuantos le trataron en este tiempo, fueron testigos de su declive progresivo.
El 8 de junio de 1956 dijo por última vez la Santa Misa. Ya no se levanta del lecho, la vista le falla, el habla se entorpece, no le obedecen mano y pie derechos. El día primero de agosto se agravó notablemente. Ya no ve, ya no habla; permanece inconsciente.
Por fin el 30 de agosto a las once y cuarto de la noche falleció. El 1 de setiembre a las diez de la mañana la Comunidad cantó el Oficio de sepultura y la Misa gregoriana de difuntos, sin órgano, según deseo expreso suyo. Terminado el oficio todos los presentes se dirigieron al Cementerio de Lecaroz, donde descansan sus restos, junto a los de su hermano, el P. Fortunato de San Sebastián.
El 5 de setiembre se volvió a celebrar con mayor solemnidad y gran asistencia de admiradores un nuevo funeral, en el que la Coral de Elizondo cantó su Missa pro defunctis.