Físico de ascendencia navarra -hijo de Francisco Yndurain Hernández- nacido en Zaragoza en 1946.
Catedrático de Física de la Materia Condensada de la Universidad Autónoma de Madrid. Ha trabajado en universidades como las de Cambridge, Berkeley o París, así como en el Instituto Max Plank o en el Tecnológico de Masachussets. Entre 1987 y 1992 fue coordinador español para el uso de la radiación sincrotrón y jefe de la delegación española en el consejo de administración del "European Synchrotron Radiation Facility". Autor de numerosos trabajos de su especialidad. Director general del Centro de Investigaciones Energéticas, Medioambientales y Tecnológicas (CIEMAT) desde 1995, en enero de 2002 fue nombrado Secretario General de Política Científica.