San Juan ante Portam Latinam es el nombre con el que se designan los restos de un abrigo natural que fue utilizado, como enterramiento colectivo, entre el 3365 y 3035 AC (en fechas calibradas). Se sitúa a 2,7 km al sudeste de Laguardia (Álava) y fue descubierto en 1985 al realizar unas obras de ampliación de un camino agrícola. En el mismo año de su descubrimiento se realizó una intervención de urgencia para salvar los materiales que habían quedado esparcidos por el camino y los que afloraban en el cantil.
En esta primera actuación se recogieron restos humanos pertenecientes a un número mínimo de 100 individuos, varios casos de paleopatologías, tres trepanaciones, materiales arqueológicos como; puntas de flecha de retoque plano, láminas, azuela y hachita en ofita pulimentada, objetos de adorno etc. Como pieza destacada, un fragmento de coxal con una punta de flecha de sílex clavada.
La aparición del primer caso de herida con punta de flecha en un ser humano, en el País Vasco, así como otras evidencias de violencia, las características del yacimiento, su contexto arqueológico y otros datos que proporcionó la excavación de urgencia, dieron origen a una comunicación de F. Etxeberria y J. I. Vegas, presentada en el II Congreso Mundial Vasco, en su Congreso de Antropología, celebrado en Vitoria en septiembre de 1987, en la que se hacia una primera valoración y explicación del yacimiento, claramente expresados en su título: "¿Agresividad social o guerra? durante el Neo-eneolítico en la Cuenca media del Valle del Ebro, a propósito de San Juan ante Portam Latinam (Rioja Alavesa)."
En el yacimiento y, debajo de una gran losa, asomaban huesos indicando que el yacimiento no se había agotado. Lo que era imposible saber era el volumen real que quedaba del primitivo depósito si no se conseguía quitar la piedra que lo tapaba.
En 1990 y con el apoyo económico de la Diputación Foral de Álava, se elaboró un proyecto de investigación que empezaba por conocer las proporciones reales de la aludida roca y proceder a su eliminación.
Pronto conocimos que, lo que tapaba el depósito, era un enorme bloque de arenisca de unas 25t de peso. Para quitarla hubo que fraccionarla, primero con cargas de pólvora y, posteriormente a mano. Lo que había debajo era un impresionante depósito de huesos humanos por lo que pudo ponerse en marcha el plan para realizar su excavación sistemática.
En agosto de 1990 se realizó la 1ª campaña y en el mismo mes de 1991 la 2ª y última.