Se fundó esta Congregación en Madrid en 1715 siendo primer hermano mayor el Rey Felipe V. Uno de los objetivos de esta congregación fue siempre socorrer a los vascongados pobres en casas, hospitales y cárceles de Madrid. A la constitución de esta congregación asistieron 124 vascos, entre ellos Juan de Idiáquez y Eguía, Bruno Mauricio de Zabala, capitán general de Buenos Aires, Juan Bautista de Iztueta, José Zárate y Murga, marqués de Montesacro. Unos años después, en 1741, se compró en 500.000 reales el espacio de terreno situado entre las calles de Alcalá y Barquillo, denominado Buenavista, pensando levantar ahí su casa e iglesia encargando a Ventura Rodríguez el proyecto, pero se permutó por otro más conveniente. También se publicaron los Estatutos o Constituciones de la Real Congregación Nacional de los Hijos y Naturales de las muy nobles y muy leales provincias del Señorío de Vizcaya, Guipúzcoa y Alava (Madrid, 1722). En 1773 se habilitó la antigua capilla para iglesia de la Congregación dirigiendo las obras Manuel de los Heros. En diciembre de 1775 la Congregación estableció un acuerdo fraternal con la Real Sociedad Bascongada de Amigos del País, comprometiéndose la primera a costear la cátedra de Física experimental de Bergara. La prosperidad de la institución duró hasta la francesada y las oleadas desamortizadoras subsiguientes. En 1843 consiguió la devolución de parte de sus bienes merced a las gestiones del senador Joaquín Berroeta Aldamar. A finales del siglo pasado se reconstruyó la iglesia (Calle del Príncipe 31), con dinero de los socios, aportaciones de los vascos de América, Diputaciones y dinero propio. En la fachada están los escudos de Alava, Guipúzcoa y Vizcaya habiendo reconstruido la iglesia entre 1895 y 1898. Fue consagrado el templo el 20 de julio de 1898 e inaugurado el 21 del mismo mes y año bajo la advocación de San Ignacio. Su imagen, obra del escultor y pintor Arturo Mélida, figura en el altar mayor. Fuera del retablo están las imágenes de San Prudencio y de San Martín de Aguirre.