"Hecho esto repartireis en los navios los Capitanes y soldados que en ellos hobieren de ir, conforme al número de la gente y al porte de los navios, como mejor os paresciere y vierdes que más convenga, llevando con vos, en la nao Capitana, al Capitán Mateo del Sauz, que vá nombrado por Maestre de Campo, y de dos Oficiales de la Real Hacienda, el Estandarte Real y Alferez general y los Gentilehombres a quienes se han dado ventajas para acompañamiento de vuestra persona y del Estandarte, y las demás personas necesarias; lo cual se remite como dicho es a vuestra prudencia y a la buena orden que en todo teneis, como de vuestra persona se confía".
En esta extensa y prolija Instrucción, donde todo se controla por triplicado, se reitera la plena confianza en Miguel López de Legazpi pero se le obliga a controlar todo, desde "el casco del navio hasta la menor cosa". Pero siempre, a su lado los Oficiales de la Hacienda Real. Se le da el poder de nombrar hasta en las cimas de la expedición: "En la nao Almiranta, nombrareis por Capitán della y Almirante de toda el Armada a la persona que más os paresciere". Resumiendo: A Legazpi se le arropa demostrándole una confianza absoluta y además se le rodea de una corte de gentilhombres. Y, con este panorama organizativo, sale la expedición.