Ocupa este documento no menos de 24 pp. en cuarto (Publicado en Colección de Diarios y Relaciones para la historia de los Viajes y Descubrimientos, V. Instituto Histórico de Marina, Madrid, 1947). Es todo un código de normas de organización, comportamientos y controles, sin olvidar el buen trato a los naturales.
"Primeramente ireis al dicho puerto de la Navidad á donde se juntarán hasta trescientos o trescientos cincuenta hombres, entre soldados y marineros, que por orden del dicho Visorrey (D. Luis de Velasco) -ya difunto- en nombre de S. M. y a costa de su Real hacienda se han hecho para ir la dicha jornada, y los Capitanes y Oficiales dellos; y llegado al dicho puerto, en presencia de los Oficiales de Su Magestad que estan nombrados y señalados para la dicha jornada, que son, Guido de Labezaris, Tesorero, y Andrés de Cauchela, Contador, y Andrés de Mirandaola, Factor, y ante Escribano que dello dé fé, os entregareis -recibireis- ante todas cosas, de cuatro navíos que estan en dicho puerto que por mandato de Su Magestad y del dicho muy ilustre Visorrey en su real nombre se han hecho, nuevamente; los dos grandes y los dos pequeños; que el mayor dellos es la nao Capitana nombrada "Sant Felipe", en que vos el dicho General habeis de ir, y la otra nombrada "Sant Andrés", que es la Almiranta, y el Patax nombrado "San Juan de Letrán" de que va por Capitán Juan de la Isla, y el otro Patax nombrado "San Lucas", de que va por Capitán Hernán Sanchez Muñoz este no se presentó y Legazpi nombró en su lugar a D. Alonso de Arellano-, que es el menos; con sus bateles, esquifes, velas, jarcias, cables, anclas y todos los demás aparejos y cosas pertenecientes a los dichos navíos sin que falte cosa alguna, asentándolo todo por inventario y haciéndoos cargo dello; el cual entrego os hará en nombre de S. M. el Bachiller Martinez Allide, Mayor de la ciudad y Provincia de Mechuacan, que está en dicho puerto de Navidad por Juez proveedor de dicha Armada. Habiéndoos entregado en los dichos navíos y todo lo demás perteneciente a ellos señalareis é nombrareis por Pilotos, Maestre, Contramaestres y Escribanos dellos a las personas que os paresciere de mas confianza, habilidad y experiencia".
En este minucioso documento se le encarga toda la organización interna de cada nao, no olvidando los asientos sobre los sueldos asignados. Respecto a armas y alimentación.
"Iten: os encargareis en el dicho puerto, antes que os hagais a la vela, de toda la artillería mayor y menor, arcabuces, municiones, armas ofensivas y defensivas, y otros peltrechos que S. M. tiene en él, y de dos fraguas y las herramientas y negros oficiales dellas, y de todos los bastimentos que se han hecho para dicha Armada, asi de bizcochos, cecinas, tocinos, vino, aceite, vinagre, pescado, quesos, habas y garbanzos, como de otras cualquier cosas, asentándolo todo por escripto é haciendo inventario dello, particularmente de cada cosa por sus géneros, en un libro que en vuestro poder habeis de tener firmado de vuestro nombre y de los dichos Oficiales de S. M.".
Sigue la Instrucción sobre "todas las mercaderías y rescates" que había comprado en la ciudad de Méjico Ortuño de Ibarra, Factor y Veedor, asentándolo todo por escrito, "y haciendoos el cargo dello por inventario".