Precariamente asentado en Cebú este objetivo es básico para el éxito de la empresa. El día 1 .° de junio de 1565 la capitana "San Pedro" zarpó de Cebú al mando de Felipe de Salcedo Legazpi. La dirección del rumbo quedaba encomendada al cosmógrafo Fray Andrés de Urdaneta. La travesía duró cuatro meses. El escorbuto había hecho estragos en la tripulación, que llegó sin fuerzas ni para echar el ancla. Era el 8 de octubre cuando fondeó en Acapulco. Legazpi tuvo que sofocar un complot de los gentilhombres. Algunos de ellos se había negado a hacer la guardia al gobernador y otros incendiaron el campo. Después de una confesión de lo ocurrido, los culpables fueron ahorcados. El galeón "San Gerónimo" llegado de Méjico, en 1566, establecía la ruta definitiva. Más tarde, noviembre de 1566, llegó la nao "San Juan". La nueva vía abierta por Urdaneta funcionaba y consolidaba la posición de Legazpi que rechazó definitivamente a los portugueses y organizó la unidad del archipiélago bajo el nombre de islas Filipinas, se impuso desde 1565 en adelante. Fundó la ciudad de Manila el 24 de junio de 1571 , según los planos de Herrera, autor del proyecto de El Escorial. Murió pobre, rodeado de sus hombres de confianza, hijos de la tierra que lo viera nacer. No llegó a disfrutar de la Real Cédula con que Felipe II le nombraba gobernador vitalicio y capitán general de Filipinas, con 2.000 ducados de sueldo. Manila le levantó un monumento donde aparece con Fray Andrés de Urdaneta.