Desde un punto de vista estructural u organizativo, y siguiendo a Saiz Arnaiz, del Gobierno Vasco pueden predicarse las siguientes 5 características (Saiz Arnaiz, 1995: 49-62):
El Gobierno Vasco es un órgano estatutario o "autonómico" en palabras de García Herrera (García Herrera, 1985: 313). Esto significa que:
- Estamos ante un órgano creado directamente por el Estatuto que prevé su composición y funciones. O tal y como manifiesta Lucas Murillo de la Cueva, es ésta la norma que da vida o que crea el Gobierno autonómico (Lucas Murillo de la Cueva, 1992: 103).
- Su ausencia significaría una radical variación del orden jurídico definido estatutariamente, en el sentido de que daría lugar a un sistema de gobierno totalmente distinto del contemplado tanto en la Constitución como en el Estatuto de Autonomía.
- Participa en la dirección política de la Comunidad Autónoma.
- Goza de paridad de rango respecto a los demás órganos estatutarios. Es decir, entre tales órganos se mantienen una serie de vínculos de coordinación y no de subordinación.
- Y, finalmente, en cuanto órgano estatutario, el Gobierno Vasco dispone de autonomía reglamentaria y organizativa.
Esto significa que el Gobierno Vasco está integrado por una pluralidad de órganos que individualmente considerados disponen de sus propias competencias pero, también, la reunión de todos ellos conforma una nueva instancia decisoria, el llamado Consejo de Gobierno, que también posee competencias específicas. En suma, nos situamos ante un "órgano de órganos" (Lucas Murillo de la Cueva, 1992: 104).
Sin perjuicio de la situación de primacía que ostenta el Lehendakari, podemos afirmar que se trata de un órgano colegiado. Y ello porque, el Gobierno es un órgano de composición personal plural y las funciones a él reconocidas se ejercen por todos sus miembros en situación de paridad a través de una decisión unitaria adoptada por mayoría.
Podemos predicar del Gobierno Vasco su homogeneidad. Debiendo entenderse esta, no como plena identidad política-ideológica de los que conforman el órgano -rasgo que por razones obvias no se da en los Gobiernos de coalición-, sino como la identificación de todos los integrantes del órgano en el programa de gobierno que define el Lehendakari. En este sentido entiende, asimismo, la homogeneidad, entre otros, Caño (Caño, 2007: 156) o García Herrera (García Herrera, 1985: 313).
En efecto, nos situamos ante un órgano responsable políticamente ante el Parlamento. Una responsabilidad política que, como veremos más adelante, se materializa mediante la moción de censura y la cuestión de confianza y que es una consecuencia directa del principio de legitimación democrática que determina que el origen del gobierno se funde en su relación fiduciaria con el Parlamento (Lucas Murillo de la Cueva, 1992: 107).