Fundado en 1982 por el Seminario de Historia de la Medicina vasca y por la Sociedad Vasca de Historia de la Medicina, de los que depende; está instalado en la Facultad de Medicina y edificio de Biblioteca central del campus de la Universidad del País Vasco en Leioa (Bizkaia). Dirigido por J. L. Iturriaga, cuenta con una plantilla de 5 personas. Sus colecciones abarcan las secciones de Farmacia, Esterilización, Radiología, Endoscopia, Odontología, Oftalmología, Cardiología, Sala Elhuyar; Sala Aranzadi, con recuerdos de Telesforo de Aranzadi; Sala Barandiarán de medicina popular; Sala Barriola; Sala Caro Baroja. Importantes series de materiales e instrumental médico y científico antiguos, así como recuerdos de diferentes médicos vascos. Ref. "Censo de Museos del País Vasco" (1987).