Tras este trabajo publica Los orígenes de la España Contemporánea (1959). En 1960 gana la cátedra de Historia Contemporánea de la Universidad de Salamanca, que ejercerá por espacio de 9 años.
Durante esta década realiza diversas ediciones para la "Biblioteca de Autores Españoles". Así, las Memorias del general don Francisco Espoz y Mina (1962) y Mis memorias íntimas/por don Fernando Fernández de Córdoba, Marqués de Mendigorría (1966). Anteriormente (1956) y para la misma colección, corrió a su cargo la edición de las obras completas de Jovellanos; "para explicar el Liberalismo tuve que remontarme al siglo XVIII", señala Artola respecto a los antecedentes del núcleo de sus estudios.
Con motivo del CL aniversario del asedio y destrucción de la ciudad (1813-1963), el Ayuntamiento donostiarra le encarga Historia de la reconstrucción de San Sebastián. En 1968 realiza una importante contribución a la "Historia de España" dirigida por Menéndez Pidal con el capítulo La España de Fernando VII, la guerra de la Independencia y los orígenes del régimen constitucional. Dirige la sección contemporánea de la segunda edición (1968-1969) del Diccionario de Historia de España dirigido por Germán Bleiberg, publicado por "Revista de Occidente" y cuya primera edición data de 1952.
Su aspecto innovador se manifiesta también en su dimensión pedagógica, inseparable de la de investigador, con la recopilación de Textos fundamentales para la Historia (1968): el análisis de textos de todo tipo como instrumento de interpretación. A este respecto Artola indica como premisa clara de la Historia: "lo general es necesario para comprender lo particular. Y lo particular es lo que nos permite comprobar el valor de lo general.El conocimiento de las premisas generales no puede ignorar las realidades concretas de cada lugar". Al fundarse en 1969 la Universidad Autónoma de Madrid se incorpora a la Cátedra de Historia Contemporánea de ésta.
En 1973 firma La Burguesía revolucionaria 1808-1869, dentro de la Historia de España de la editorial Alfaguara, que dirigió, y en la que colaboraron autores como Ángel Cabo, García de Cortázar, Domínguez Ortíz, Gonzalo Anes o Ramón Tamames. La edición se reimprimirá en 1987 con el título La Burguesía revolucionaria 1808-1874. Le sigue Partidos y programas políticos 1808-1936 (1974-1975). De esta misma época son El latifundio. Propiedad y explotación, ss. XVIII-XX (en colaboración con A.M. Bernal y J. Contreras), Antiguo Régimen y revolución liberal (1978) y El modelo constitucional español del siglo XIX (1979).
En el año de aparición (1982) de su La Hacienda del Antiguo Régimen, es elegido académico de número de la Real Academia de la Historia, leyendo el 2 de mayo su discurso de ingreso sobre Declaraciones y derechos del hombre. También elabora la parte dedicada a Instituciones de la obra colectiva La economía española al final del Antiguo Régimen y, con Luis María Bilbao, Estudios de Hacienda: de Ensenada a Mon (1984).
En 1986 publica La Hacienda del siglo XIX. Moderados y progresistas y Los Derechos del hombre, y sucede a Fernando Chueca Goitia como Presidente del Instituto de España, cargo que ocupará hasta 1995.