Diplomático e industrial austriaco nacido el 30 de abril de 1875 en Littai. (Hoy día Litije, situada a las orillas del río Save en la región de Kraina, y perteneciente a la joven República de Eslovenia). La región de Kraina fue territorio de la corona de Austria hasta 1919.
Allí vivían tanto alemanes como eslovenos. Los libros de geografía de la época mencionaban la existencia de minerales en la zona y que en Litije había una fábrica de textil y una mina de plomo. Por nacimiento Wakonigg era ciudadano austríaco de confesión católica. De 1885 hasta 1891/92 asistió al colegio superior en Lubljana hasta obtener el matura (i. e. la selectividad austríaca). El mismo año empezó a estudiar ingeniería de minas en el Colegio Superior de Técnica en Graz. En 1896 obtuvo el título de ingeniero. Los próximos nueve años trabajaría de empleado en diferentes empresas privadas, todas ellas relacionadas con la industria metalúrgica. En 1905 se instaló en Bilbao y fundó la empresa "W. Wakonigg".
Se dedicaba tanto a la exportación de minerales como también ejercía su profesión de ingeniero de minas. Pero no fueron sólo los negocios los que hicieron que Wakonigg se instalara en el centro industrial a orillas del Nervión. En mayo de 1905 se casó con Elisa Poirier Bolivar en la Catedral de Begoña. Se integró rápidamente en la vida social de Bilbao. Era miembro de la Sociedad Bilbaina y del Club Marítimo del Abra (Neguri) que era el máximo centro social de la oligarquía vasca. El republicano Aldasoro era su abogado y su hija se casó con el jelkide Luis Ortúzar que en 1936 dirigiría la Ertzaintza del Gobierno Vasco y que más tarde sería Inspector General de Orden Público.
Su estrecha vinculación a la alta sociedad bilbaina influyó también en su carrera diplomática. El 15 de junio de 1914 el Imperio austro-húngaro nombró a Wakonigg Vice-cónsul honorario en Bilbao y el 28 de enero de 1916 se le otorgó el rango de Cónsul Honorario ad personam. Mantuvo este rango hasta el 30 de septiembre de 1919, día en que se clausuró el consulado austríaco en la capital vizcaina. Según fuentes aliadas Wakonigg era el jefe del espionaje alemán en el Norte de de la Península Ibérica. Su misión consistía en suministrar víveres, combustible y munición a los submarinos alemanes que atacaban el comercio marítimo con Inglaterra.
Según sus propias palabras, Wakonigg dejó el consulado en 1922. El mismo año había llegado la ex-emperatriz austríaca Zita a Lekeitio donde Adolfo de Urquijo y Wakonigg habían comprado el Palacio de Uribarren para ella y sus hijos. Un mes después de estallar la Guerra Civil Wakonigg reasumió sus funciones de cónsul. El Ministerio de Asuntos Exteriores de Viena le había dado un permiso excepcional de tres meses de duración para extender los pasaportes caducados de ciudadanos austríacos en España. No tuvo problemas porque en el Gobierno Civil de Vizcaya figuraba aún como cónsul de Austria y Hungría. El 28 de octubre de 1936 la policía del Gobierno Vasco le detuvo después de hallar en su valija informaciones secretas destinadas al mando rebelde, cuando Wakonigg se disponía a embarcar en el destructor inglés "Exmouth" junto con otros diplomáticos.
Se le ocuparon un informe del capitán de Ingenieros Pablo Murga sobre los proyectos de fortificación de Bilbao y otros temas de interés militar, un informe del banquero Julio Hernández Mendirichaga sobre la situación bancaria de Bilbao, un informe sobre el nacionalismo vasco a cargo de Julián Munsuri, un escrito del comandante Anglada sobre el fracasado alzamiento de la guarnición de Garellano y diversas cartas personales comprometedoras. La actuación policial permitió desarticular la red de espionaje dirigida por Wakonigg, en la que se vieron comprometidos, además de los mencionados, el cónsul del Paraguay, Martínez Arias y el ayudante de Wakonigg, Emil Schaeidt Schneider.
Pese a la defensa de hombres como Nicolás Viar, Wakonigg fue juzgado el 18 de noviembre por el Tribunal Popular de Vizcaya, condenado a muerte y ejecutado la mañana siguiente. La ejecución tuvo lugar en el cementerio de Derio, pero su cuerpo sin vida fue enterrado en el panteón familiar, situado al pie de la Catedral de Begoña. Después de la ocupación de Bilbao en 1937, los franquistas y las autoridades alemanas le consideraron uno de sus mártires, que "dio su vida por Dios y por España".