Militar de origen navarro nacido en Ainhoa (Laburdi).
Teniente de artillería y comandante del Reino de Navarra. Autor de Origen y antigüedad de la lengua bascongada y de la Nobleza de Cantabria (Barcelona, 1731), defendiendo que el euskara tiene su origen en Noé y fue traído al País por Túbal. Sobre este particular comenta Pérez Goyena:
"Pretende probar que fue el bascuence no sólo la primitiva lengua de España y Francia, sino también propia y nativa del patriarca Noé; y por consiguiente la primera del mundo, y aquella misma que infundida por Dios a Adán fue la única hasta la confusión de Babel. 1.º discurso. Se hace demostrable por su propia narrativa y encadenamiento. 2.° discurso: Recopilación o resumen del discurso precedente con algunas curiosidades históricas y propias a la lengua bascongada. Sobre la esencia de la SSma. Trinidad (4 versos vascongados). En elogio del SSmo. Sacramento (otros cuatro). Definición sobre la esencia de la nobleza (diez). Carta al autor del Duque de Montealegre. Como glosa dice que Francia y España podrían poner a poca costa dos maestros de vascuence: el uno en el Seminario de Larresoro en Francia y el otro en Urdax en España. Los eslabones de la lengua bascongada pretendo que lleguen desde los tiempos del diluvio universal hasta nuestros tiempos. Se funda en las etimologías de varios pueblos: Hurte-a significa diluvio y también año: como el diluvio universal duró un año, se saca la consecuencia de haber quedado sinónimos ambos y reducido a una sola voz. Hurte-a que comprende año y diluvio..."
A propósito de tales etimologías, escribe el Sr. Urquijo: (Primer Congreso de Estudios Vascos, Bilbao, 1919, pág. 413, not. 11).
"La falta absoluta de método y el entusiasmo patriótico llevan a nuestros abuelos y Dios quiera no lleven a los menos instruidos, o a los más ciegos de nuestros contemporáneos, a proponer las etimologías más estrambóticas y a sostener las hipótesis más grotescas. Entre los mil que pudieran citarse, sólo recordaré una muy curiosa, del capitán D. Juan de Perochegui. Pretende el famoso autor del Origen y antigüedad de la lengua basca ... que el apellido Borbón es vasco y quiere decir Buru o "buena cabeza". A este punto consagra la 3.ª parte de su librito en la que "se prueba que la Excelsa casa de Capet y la August.ma de Bourbon son una mesma raza; y siendo evidente que la 1.ª significa cabeza, se hace palpable que la 2.ª en su origen es Cabeza buena derivada de Buru-on".
"Iturriza cita a Perochegui entre los que defienden que el Vascuence fue la lengua primitiva de España. También Humboldt se ocupó de esta obra elogiándola, según Rodríguez Ferrer, o considerándola como completamente insignificante"
(Allende Salazar, número 1562).
A juzgar por el gran número de ediciones, debió de ser una obra de gran éxito. A las ediciones, recopiladas por Urquijo, debe de añadirse una anterior en México. Las de Urquijo son:
"esta edición (de Barcelona, 1731), la de 1738 (Barcelona) adicionada con las partes segunda y tercera y la de 1877 (Bilbao) que no las contiene, porque no es reimpresión de la de 1738 sino de la de 1731. Hay además una impresión in-folio sin fecha ni lugar de impresión, dos de 1760 hechas en Pamplona por los herederos de Martínez y una reimpresión de las de Pamplona hecha en 1905 en Bilbao en la Imprenta y Librería de José de Astuy. Hay grandes diferencias entre las ediciones de 1731 y 1738 y las de 1760. Ni siquiera coinciden en los títulos. Esto lo hace ver palpablemente, al propio tiempo que nota las deficiencias de Vinson, en la citada "Revista Internacional", octubre-diciembre 1935".
Las ediciones de Pamplona tienen por título Origen De La Lengua Bascongada. (Portada) Origen De La Nacion Bascongada, Y De Su Lengua, De Que Han Dimanado Las Monarquías Española y Francesa, y la República de Venecia. En relación con su vida profesional Perocheguy publicó en 1752 Reflexiones curiosas y notables sobre la ciencia y valor para la guerra.