Abogado y político nacido el 2 de junio de 1938 en Pamplona, en el seno de una familia numerosa, católica, tradicionalista y acomodada. Contrajo matrimonio con Sagrario Mina y tuvo 3 hijos. Habla euskera, castellano, inglés y francés.
A los once años se trasladó a estudiar al colegio de los Padres Escolapios en Orendain, Gipuzkoa. En los dos años que permaneció allí conoció la literatura de Campión, Iturralde y Oloriz, además de realizar su primer intento de aprender euskera.
Tras terminar el bachillerato, se trasladó a la Universidad de Deusto para estudiar en la "Comercial", Facultad de Ciencias Económicas y Derecho, por lo que obtuvo la licenciatura de abogado-economista.
En 1961, a los 23 años, consiguió su primer trabajo de responsabilidad en la empresa Sigma, pasando después a ocupar un puesto de economista en la empresa Tracsa, de donde a su vez pasaría a trabajar como director-gerente en Eaton Ibérica en Iruñea.
En 1962 presidió la Cámara de Comercio e Industria de Navarra, cargo que desempeñó hasta 1972 y tuvo que simultanear con otras actividades, como la Institución Príncipe de Viana, la Junta Rectora de la Santa Casa de Misericordia, el grupo impulsor de las ikastolas en Nafarroa, etc...
En 1974 creó su propio despacho de abogados en Iruñea, junto con otros tres colegas de profesión. Hasta la fecha no había tenido cargos en el PNV, aunque estaba claramente identificado con él, y se carteaba con líderes del Gobierno Vasco en el exilio, como Manuel de Irujo, quien le animaba a desempeñar responsabilidades directivas en el partido.
En 1975 fue elegido presidente del Nafar Buru Batzar, órgano directivo del PNV en Nafarroa. Dos años después, concretamente en marzo de 1977, y a propuesta de Juan de Ajuriaguerra, fue elegido presidente del Euzkadi Buru Batzar, con lo que pasaría a desempeñar la dirección del PNV.
En las elecciones generales del 15 de junio de 1977, Garaikoetxea encabezó la coalición electoral denominada Unión Autonomista de Navarra en la que concurrían a las elecciones el PNV, ANV y ESB. Obtuvieron 18.079 votos, por lo que Garaikoetxea no fue elegido diputado.
El 3 de abril de 1979 se celebraron las primeras elecciones al Parlamento de Nafarroa y en ellas el PNV concurrió junto con EE, ESEI y PTE, presentándose únicamente en la merindad de Pamplona. Obtuvieron tres parlamentarios, entre ellos Manuel de Irujo y Carlos Garaikoetxea.
La labor en el Parlamento Foral Navarro fue corta, ya que dos meses después fue designado por unanimidad presidente del segundo Consejo General Vasco, órgano preautonómico meramente ejecutivo que anteriormente fue presidido por Ramón Rubial. Los asuntos más importantes que se trataron entre Garaikoetxea y Suárez fueron el proyecto de Estatuto, la recuperación del Concierto Económico y la "cuestión Navarra". Navarra, por razones que aquí no podemos analizar, no se unió a la CAV, siendo un duro golpe para Garaikoetxea, que como navarro y vasco abogaba y luchó para que los cuatro territorios de Hego Euskal Herria formasen una unión administrativa.
Podemos considerar a Carlos Garaikoetxea uno de los artífices del Estatuto de 1979, a pesar de que no colmó todas sus aspiraciones. En múltiples ocasiones ha manifestado "que se trataba de apuntalar un edificio en ruinas, y que el Estatuto sirvió para que el país tuviera recursos para afrontar esos déficits profundos y salir del expolio fiscal al que estaba sometido".
Tras la aprobación del Estatuto el 25 de octubre de 1979, Garaikoetxea fue elegido Lehendakari en las elecciones del 9 de marzo de 1980. El PNV ganó las elecciones con 349.102 votos, el 38,1% de los sufragios y 25 escaños.
La labor de Garaikoetxea durante estos cuatro primeros años como Lehendakari se caracterizó por la construcción del gobierno y las instituciones vascas. Para ello nombró consejeros del Gobierno Vasco a Mario Fernández, Pedro Miguel Etxenike o Pedro Luis Uriarte, entre otros.
Durante el primer gobierno de Garaikoetxea se consiguió la recuperación del Concierto Económico, instrumento indispensable para sostener el autogobierno. Además se creó el Servicio Vasco de Salud, Osakidetza, EiTB, cuya primera emisión se produjo en diciembre de 1982, y la Ertzaintza. El Gobierno Vasco también tuvo que afrontar la explosión de gas de la escuela de Ortuella en 1980, en la que murieron decenas de niños o las inundaciones de Bilbao de 1983, situaciones hasta entonces desconocidas que requirieron actuaciones de urgencia.
El 26 de febrero de 1984 tuvieron lugar las elecciones al Parlamento Vasco que dieron paso a su segunda legislatura. Carlos Garaikoetxea fue reelegido Lehendakari, con un mayor porcentaje que cuatro años antes. El PNV obtuvo 451.178 votos, el 42,01% de los sufragios y 7 parlamentarios más que en la legislatura anterior, 32.
Las desavenencias internas entre el Lehendakari y Xabier Arzalluz, presidente del EBB, y los órganos directivos del partido fueron en aumento durante su primera legislatura. La Ley de Territorios Históricos que debía delimitar las competencias de las Diputaciones Forales y el Gobierno Vasco, la expulsión de toda la organización del PNV en Nafarroa, y los ataques del Diputado General de Álava, Emilio Guevara, al Gobierno Vasco aumentaron la crisis interna entre el Lehendakari y el PNV. En diciembre de 1984 en la Asamblea Nacional del PNV, que se desarrolló con gran tensión, Garaikoetxea anunció que no aceptaba las directrices del partido, por lo que la asamblea le retiró la confianza, fórmula elegida para evitar la dimisión o la expulsión.
En enero de 1985 José Antonio Ardanza sustituyó a Carlos Garaikoetxea como Lehendakari, pero las tensiones entre los sectores afines a Garaikoetxea y a los órganos directivos del PNV continuaron hasta la expulsión de la organización del PNV en Vitoria-Gasteiz en agosto de 1986 con Manuel Ibarrondo a la cabeza, la cual aprobó el 4 de septiembre un nuevo partido EA (Eusko Abertzaleak), que posteriormente se llamaría Eusko Alkartasuna. Garaikoetxea y su sector próximo consumaron la escisión y pasaron al nuevo partido político.
El 30 de noviembre de 1986, sin apenas tiempo para organizar el nuevo partido, se celebraron las nuevas elecciones al Parlamento Vasco. Al frente de EA concurrió Garaikoetxea, obteniendo 181.175 votos, el 15,84% de los sufragios y 13 parlamentarios, siendo la cuarta fuerza política detrás del PNV, PSE-EE y HB.
Entre el 3 y el 5 de abril de 1987 se celebró su congreso constituyente en Iruñea, creándose un partido socialdemócrata e independentista vasco. Carlos Garaikoetxea sustituyó a Manuel Ibarrondo al frente de EA en 1987 y fue su presidente hasta 1999.
Garaikoetxea fue sustituido en el Parlamento Vasco el 24 de julio de 1989 por Miren Agurne Irusta, al obtener Garaikoetxea el acta de parlamentario Europeo. En las primeras elecciones celebradas en el Estado español al Parlamento Europeo en 1987 EA concurrió junto a ERC y PNG bajo el nombre de Coalición por la Europa de los Pueblos. En las elecciones europeas de 1989 Garaikoetxea volvió a obtener un escaño, esta vez los tres partidos anteriores concurrieron bajo la denominación de Por la Europa de los Pueblos. La segunda etapa como parlamentario europeo, en la que fue miembro del Grupo Arco Iris del Parlamento, entre el 25 de julio de 1989 y el 14 de marzo de 1991, fue muy prolífica para Garaikoetxea, ya que visitó multitud de países, algunos de ellos en proceso de independencia y participó en conferencias y reuniones en las que pudo exponer a distintos líderes europeos el proyecto de los Estados sin nación, entre los que se encontraba Euskal Herria y tratar de crear una Europa de las naciones.
Carlos Garaikoetxea estuvo presente en el Parlamento Vasco durante la IV, V y VI legislatura, desde 1990 hasta 2001. Durante estas tres legislaturas fue el portavoz de EA en el Parlamento. EA comenzó un lento pero sostenido declive, en las elecciones de 1990 obtuvo 115.703 votos, el 11,83% de los sufragios y 9 diputados. En las de 1994, 105.136 votos, el 10,31% de los sufragios y 8 diputados. En las de 1998, 108.635 votos, el 8,69% de los sufragios y 6 diputados. Durante esta década participó en la Mesa de Ajuria Enea, se reunió varias veces con José María Aznar siendo éste Presidente del Gobierno español y participó activamente en el proceso de paz que se inició con la declaración de Lizarra-Garazi y el alto el fuego deETA.
Carlos Garaikoetxea dejó la política activa en 1999, siendo sustituido al frente de EA por Begoña Errazti. Pero este hecho no impidió que participase y apoyase a EA en las elecciones que posteriormente se han celebrado.
En 2009 participó en la presentación del documento "pro acumulación de fuerzas abertzales", junto con dirigentes de EA y al que acudieron dirigentes de la izquierda abertzale.
Actualmente (2012) Garaikoetxea apoya la candidatura de Bildu, coalición de varios partidos políticos entre los que se encuentran la Izquierda Abertzale, EA, Aralar y Alternativa. Garaikoetxea también está presente, esta vez de una manera testimonial, en un nuevo escenario político que se ha abierto en Euskal Herria, con la creación de una coalición de izquierdas, soberanista, independentista, progresista y con los derechos humanos como base.