Astrónomo y filósofo de origen vasco, nacido en Salamanca, de la casa ducal de Béjar, en 1530 y muerto hacia 1598.
Agustino, residió en los conventos de Valladolid y Madrigal, pasó luego a Toledo y en 1573 figura como catedrático de la Universidad de Osuna. Principal representante del copernicanismo del siglo XVI en la Península Ibérica, es autor de In Zachariam Prophetam Comentaria (Salamanca, 1577), In Job Commentaria (Toledo, 1584) y de Philosophia prima pars (Toledo, 1597), en las que desarrolla las teorías de Copérnico explicando el movimiento de los planetas e intentando demostrar que el heliocentrismo no es contrario a los textos bíblicos. Su obra figuró -junto a las copernicanas- en la condena de Copérnico hecha por la Inquisición romana en 1616. El fracaso del pensamiento de Zuñiga y del copernicanismo en España fueron absolutos, hasta la publicación en 1773 de las teorías de Jorge Juan.