Pintor de origen vasco, nacido en Valencia el 2 de junio de 1726 y muerto el 9 de marzo de 1799.
Funda con su hermano Ignacio una escuela en el taller familiar de la valenciana calle Barcas, con la denominación de Academia de Santa Bárbara, que será instalada en aulas cedidas por la Universidad en 1753. José es considerado en introductor del academicismo italianizante del XVIII levantino. Destacado fresquista, pinta las pechinas de la bóveda de la catedral de Játiva (1744-1745); le siguen frescos en Villarreal, monasterio del Puig y Carlet, entre otros muchos lugares. En la capital, realiza en 1765 Las Heroínas Bíblicas para la capilla de los Desamparados y en 1781, diversas pinturas para el convento de Santo Domingo, siendo en la parroquial de Chiva donde Vergara alcanza su máxima expresión en la técnica del fresco. Como pintor de caballete, realizó obras de tema sagrado conservadas principalmente en la Academia de San Fernando y en el Museo de San Pío V, destacando en este último un Autorretrato. Asimismo descolló como retratista. Dejó Vergara un nutrido grupo de discípulos en tierras valencianas, como José Rosell, Francisco Bru o Juan Bautista Suñer.