De este célebre escultor vasco de mediados del siglo XVI existen escasos datos biográficos y éstos sólo abarcan los últimos 23 años de su vida. Ello ha sido en parte, la razón de que, hasta comienzos de siglo XX, fuera poco conocido por el grueso del público.
Juan de Anchieta es guipuzcoano. La hipotética existencia de otro Anchieta, Miguel, de Navarra, ha contribuido a disociar, al autor, de sus obras. Sin embargo, documentos publicados con posterioridad han puesto de manifiesto la existencia de un sólo Anchieta, nacido en Azpeitia, en fecha desconocida. Ceán Bermúdez nos da a conocer que se educó en Florencia donde trabó conocimiento con el magnífico renacimiento italiano, contempló las obras de Della Quercia, de la Robbia, Donatello y, en especial, de Miguel Ángel cuya influencia es innegable y persiste a través de toda su producción.
En 1565 está ya establecido en Valladolid, Juan de Anchieta como consta en la partida de bautismo de un hijo tenido con Doña Catalina de Aguilar, burgalesa, con la que no contrajo matrimonio, casándose más tarde con su pariente, Ana de Aguirre. Conoce y se relaciona con los principales maestros de la escuela castellana de la época, Berruguete, Becerra, Jordán, Beltrán, Juan de Juni, uno de los mayores admiradores de Anchieta del que decía que era "una persona muy perita, hábil y suficiente y de los más peritos que hay en todo el reino de Castilla... no hay otra persona ninguna del dicho arte de quien se pueda fiar", y otros. Su participación en el retablo de Santa Clara de Briviesca no está probada, pero sí se sabe que viajó en repetidas ocasiones al lugar y que estuvo en contacto con López de Gámiz, escultor que acabó las obras del retablo que tanta resonancia tuvo en la península. Su estilo se halla mucho más cerca del romanismo de Briviesca que del expresionismo castellano.
En 1576 ha abandonado Valladolid para establecerse definitivamente en Pamplona -calle de las Navarrerías-, ciudad en la que habían de llevar a cabo sus principales logros. La actividad del joven Anchieta es grande; trabaja entre otras cosas en el retablo de la iglesia de San Pedro de Zumaia, sin embargo, ya sea por su menguada retribución, ya por la tardanza en el cobro de sus honorarios, su existencia es dura y tiene que recurrir a préstamos para escapar a la extrema pobreza que le persiguió toda su vida. El retablo de Zumaia se hallaba ya concluido para el año 1577. Consta de tres pisos de relieves coronados por un Calvario de figuras exentas. Según Camón Aznar, ésta es la obra más cercana al retablo de Briviesca. En ella se ponen de manifiesto las principales características de sus figuras, el denso mundo interior de las mismas, las proporciones atléticas aunque algo achaparradas, la sobriedad de los planos, el recogimiento de los ademanes.
Un año antes se había concluido el contrato entre la parroquia de Cáseda y Anchieta para la construcción del retablo y sagrario de Santa María de Cáseda que le había de ocupar durante cuatro años. Sin embargo, ésta no fue su única actividad porque se sabe que entre los años 1576 y 1578 trabaja para el retablo de la Catedral de Burgos ejecutando la Asunción, la escena de la Coronación de la Virgen y una imagen de ésta colocada sobre un facistol del coro. También es posible que contribuyera a la factura del retablo de la Trinidad de la Catedral de Jaca, con la Virgen que ocupa un medallón del frontis y tres Virtudes situadas en el tímpano superior, en el de Alkiza, en el de Asteasu, del que sólo subsiste una imagen de San Pedro, y en el de Errezil, del que hoy podemos admirar el Sagrario.
Desde 1580, ocho años antes de su muerte, Anchieta tiene que recurrir al trabajo de tasador -viaja a Valtierra, Alkiza, Salvatierra, San Sebastián, etc.- para aliviar su precaria situación económica. Ejecuta una de sus obras más perfectas, el retablo de Aoiz. Desgraciadamente el empuje del barroco, medio siglo más tarde, lo desarticula y recompone a su manera mediante la construcción de un nuevo retablo, obra de Juan de Tornes, y los excesos del dorado y las policromías. Hay una bellísima imagen de la Virgen en el presbiterio; de rasgos hermosamente varoniles, tiene una serena y maciza estabilidad miguelangelesca. El Crucificado es una obra acabada del desnudo renacentista.
Trabaja en Zaragoza, donde lleva a cabo la arquitectura y los relieves del retablo de San Miguel de la Seo del que se conserva la sobria policromía original de inspiración más italiana que peninsular. La composición es atrevida, con gran abundancia de temas y elementos arquitectónicos nuevos. Destaca por su especial toque de genio el relieve principal de la Anunciación, con un ángel apolíneo y lleno de encanto que contrasta con la robustez de una Virgen monumental.
La obra cumbre de la creación de este escultor vasco es la que le ocupa desde antes de 1583 hasta su muerte, en 1588. Se trata del retablo y sagrario de Santa María de Tafalla. El sagrario es su obra maestra; dentro de un reducido tamaño se dan cita todo el dramatismo y violencia contenidos en una vida de pobreza y angustia. Consta de tres pisos de ordenada planificación arquitectónica y agitados motivos escultóricos en difícil pero logrado equilibrio. Los relieves principales del retablo representan el Nacimiento de San Juan Bautista, con abundancia de pliegues y mantos, La Anunciación, la Visitación, La Adoración de los pastores, el Entierro de Cristo, las Santas Mujeres, San Juan y San Pedro en el sepulcro y el Descendimiento. Complementan a los relieves unas magníficas figuras exentas. El retablo no pudo ser terminado por la temprana muerte del artista; su conclusión corrió a cargo de Pedro González de San Pedro y su policromía la ejecuta Juan de Landa.
Muere Anchieta el 30 de noviembre de 1588 después de entregar su obra póstuma, el diseño para la sillería del Coro de la iglesia de Allo. Fue enterrado en el claustro de la catedral; dejaba una magnífica obra, un puñado de seguidores entusiastas y las deudas que Ana de Aguirre a duras penas pudo pagar. Sus seguidores fueron muchos. Destacan entre ellos Pedro González de San Pedro, Ambrosio de Bengoechea, Lope de Larrea, Bernabé Imberto, Martín Ruiz de Zubieta, Domingo Vidarte, Juan de Berrueta, Domingo de Luso, Diego Giménez, Juan de Bascardo, Martín de Morgota, Pedro de Arraydu y muchos otros. Obras suyas o de posible atribución se hallan esparcidas por todo el País Vasco y aledaños, tanto en Santa Águeda como en Tolosa, en Hernani como en Logroño, Pamplona, Zaragoza, etc.